（一）教育工作者不了解组织育人的内涵
高校组织育人是指高校党政组织、教学组织和群团组织通过活动与教学，将思想道德观念融入其中，全方位地培养大学生思想政治素质，使他们成为社会主义建设者和接班人的实践育人过程[2]。组织育人兼备显性教育与隐性教育，通过活动载体、日常工作或课堂教学，对大学生开展内隐性的思政教育。很多高校教育工作者误解了组织育人的内涵，部分部门机构甚至出现理想信念不牢、道德修养不足、底线意识不强等问题，受到各种错误思潮的侵蚀，没有尽到一名大学工作者的基本职责。认为组织育人就是开展活动，做做讲座，布置会议，教育形式简单重复，只有规范性，却没有灵活性，这种运动式的思想道德教育可以解决大学生的表面思想问题，无法根据学生的身心发展规律有针对性地开展思想政治工作，造成大学生主体性地位的缺失，组织育人活动的质量和效率低下。
（二）“组织”与“育人”相脱离
高校中有很多部门组织，某些部门组织似乎和学生的接触不多，比如人事处、纪委办和审计处等组织，若深究其工作内涵，高校中的任何组织，任何工作人员都和学生产生联系，从校长、老师、饭堂厨师、扫地阿姨，一言一行都在潜移默化的影响着学生，任何组织都必须承担起育人的任务。有些行政管理部门认为自己没有和学生打交道，思政教育只是辅导员和思政教师的工作，可置身事外，在组织育人方面存在专业性“短腿”，参与不力，存在不自觉、不合拍、不配合现象。有些后勤服务机构，因组织架构原因，或从业人员的素质问题，开展工作没有以学生为本，有时对学生态度恶劣，不重视学生的诉求，没有起到言传身教的作用，给学生造成负面影响，更加没有发挥管理育人和服务育人功能。
（三）高校组织育人体系不完善
高校的党委组织、行政机构、教师队伍、思政团队和学生组织之间缺乏联动性纽带，缺少必要的统一领导协调机制，各自为政，没有体现协同效应和整体功能，没有建构系统化架构，组织育人系统结构松散，匮乏互动。其深层次原因在于组织育人主体责任不清、功能定位不准、顶层设计缺乏，导致高校组织育人无法共建共治、齐抓共管，思想政治工作权责分散、沟通缓慢、效率低下，无法形成思想政治教育合力。仅依靠高校党组织，是无法有效地开展大学生思想政治工作，毛主席也曾指出：“思想政治工作，各个部门都要负责任。共产党应该管，青年团应该管，政府主管部门应该管，学校的校长教师更应该管。”