诸葛亮平定南中的根本目的，是保证南中地区尽可能的纳入蜀汉国家的有效统治体系，同时让这片国土成为国家资源而不是负担和麻烦。
为了巩固和扩大成果，诸葛亮在平定叛乱之后，采取了一系列措施，以利于南中的稳定和国家北伐大计。
首先，重新划分行政区，健全郡县制。把原来的四个郡划分为六个郡，加上朱提郡 ，共七个郡，选派得力官员担任郡守。加强了管理。
其次，削弱地方豪强大姓的势力。把一些态度恶劣的大姓豪强，强制迁往成都等内地。还把一些强壮有力男子编为军队，号称“飞军”，由王平担任指挥。经过教育和训练，这些战士以恢复汉室统一天下为己任，作风强悍，作战勇敢，在北伐战争中，成为蜀汉一支劲旅精兵，为北伐大业作出了宝贵贡献。
第三，为了改善和“夷帅”及大姓的关系，诸葛亮注意加以笼络，尊重其习俗，保留其原来的地位和特权。对留在当地的民众，诸葛亮鼓励大姓拿出钱财，招募其中的勇士作为“部曲”，招募人多的大姓，还可以累世作大官。如爨习因此官至领军，孟琰做了辅汉将军，孟获官至御史中丞。这样，让那些听从朝廷的首领大姓得到好处，更加心向国家；同时政府也通过大姓夷帅加强了当地管理；还不费国家财力。依靠这一做法，蜀汉国家对南中实现了有效的控制。
对此，王仲荦认为：“诸葛亮也把中原正在加强中的封建的隶属关系，带进到西南少数民族那里去……封建的隶属关系，就是这样地在西南地区发展起来了，这一定会使西南少数民族的社会性质起剧烈的变动的。”诸葛亮这样做，使得南中的制度向内地“看齐”，客观上有利于当地对蜀汉政权的认同，有利于民族共同体意识的加强。笔者还认为，内地如此运作，可能养成与强化封建隶属关系，国家税收也会因封建主的隐瞒而减少，同时也会使得地方势力恶性膨胀，最终影响国家的管理和安全。而诸葛亮在南中的这一运作表面看与内地的没有什么区别，但是放在具体的时间和地点，针对具体的人和事来看大不一样，结果也大相径庭。对此，应当加以积极评价和肯定。章映阁就认为：“这种把大量奴隶变成部曲的做法，既加深了民族融合，起到了改善民族关系的作用，也使南中地区封建生产关系得到进一步的发展。”肯定了诸葛亮的做法。
第四，南征后“不留兵，不运粮”（《三国志•诸葛亮传》裴注引习凿齿《汉晋春秋》）。注意发展南中经济。推广内地先进的生产技术，设置盐铁官，铁器大量输入，既加强管理，也推进技术；传授织锦方法、种茶技术。修复道路，如牦牛道，方便内地和南中的交通商旅往来。明代杨慎《滇载记》：“诸夷慕侯之德，渐去山林，徙居平地，建城邑，务农桑。”诸葛亮以示范和奖励促使南中人民从事农业，带动了当地经济发展。
第五，“为夷作图谱”，加强夷汉关系。诸葛亮利用南中少数民族信奉鬼神的风俗文化，从意识形态上宣扬封建君臣关系，梳理强化蜀汉中央在南中的权威。诸葛亮借南中广为流传的“九隆神话”来强化朝廷的神圣统治，既尊重民族习惯，也加强了国家管理。可谓双赢。李兆成认为，诸葛亮“对‘九隆神话’表现出充分的尊重，这自然会在洱海至滇西的相关民族中引起强烈的好感”，“对尊重这一神话的诸葛亮加以赞誉甚至奉其为神，恰恰正是维护了…本民族的尊严。简而言之，诸葛亮尊重各族习俗、尊重‘九隆神话’，就体现了他对各族的尊重。”诸葛亮尊重当地民族习俗，有利于加深其与内地关系的认同，强化其民族共同体意识。