我国科技档案管理体制机制经历了从以国家档案行政机构与行业主管机关为主体的国家宏观体制化管理向以现代企业制度为核心，以产权为纽带的微观管理机制转变过程。在这一转变过程中，原有管理主体行政职能的弱化、新技术的发展、经济主体多元化和经济全球化，对我国科技档案微观管理机制都产生了不同程度的影响。通过对这些外部问题进行梳理，为科技档案微观运行机制的构建提供依据。
1管理主体转变对科技档案微观管理的影响
从20世纪80年代初期至今我国已经进行了8次机构改革和行政管理体制改革，2018年机构改革后，全国绝大多数省（市）档案局的“牌子”挂在党委办公厅。行业主管机关大多也在机构改革中转为企业。我国长期坚持的科技档案宏观“集中统一”管理主体（档案行政主管机关、行业主管机关）已经转制，科技档案的管理主体变成了符合现代企业制度的多元经济主体。这种转变符合政企分开，依法治国的理念。但在这个过程中，由于科技档案的专业性强、内容多样、覆盖国民生产各个领域的特点，针对各类科技档案的法律规范还不够健全完善，法律规范订立与更新落后于技术发展和档案环境的变化等问题，导致很多行业科技档案无法可依，无规可循。
同时，新的经济主体对科技档案重要性认识不足，在组织体系、管理模式、人才队伍、经费投入等方面缺乏充分保障。科技档案在工具价值实现上没有统一的信息资产台账，经常是遇到一个问题，搭建一套班子，部门内部职能不清晰，权责不明，没有针对科技档案的整体规划，科技档案的信息开发利用更是无从谈起。
2.新技术发展对科技档案微观管理机制的影响
计算机、信息技术、物联网、大数据等新技术的发展，使档案管理对象，特别是科技档案的管理对象发生了巨大的变化，科技档案的管理由模拟时代对载体的控制向数字时代以数字信号为载体的电子档案对内容的控制，再到数据时代对规则的控制不断演化。“三态”（模拟态、数字态、数据态）与“两化”（数字化、数据化）展示了文档对象管理空间的既有发展轨迹及未来演变趋势。而目前档案学管理理论、实践、工作流程等基本停留在纸质档案管理时代，在科技档案数字化、数据化发展的趋势下，科技档案运行机制在归档范围和管理对象上出现两方面的问题。
在科技档案数字化过程中双套制保存的问题。电子档案单套制早就在档案学理论研究中有所倡导，但在多数实际工作中仍坚持双套制的做法。在国家已经承认电子档案法律效力的前提下，有些单位甚至在本身已形成的电子档案的基础上通过实行硬拷贝来实现科技档案对载体的控制，造成巨大的人力物力浪费。