虽然，高校在实际工作中不断加强对所属企业的预算管理工作，但目前高校企业预算管理工作中仍存在一些问题，主要有：
1、预算管理与企业战略脱钩
高校企业管理目前普遍实行“高校——资产公司——下属企业”的管理模式，资产公司每年向下属企业分解下达年度预算目标，以预算收入、预算净利润等可以量化的财务指标为主并通过绩效考核方式实现对下属企业的监管。下属企业的预算编制一切也以围绕如何实现当期预算目标展开，短期行为占据主导，对下属企业本身的长远发展规划、战略发展等事项的关注程度非常有限。
企业体制改革工作完成后，高校虽只保留与教学科研相关的企业，主要涉及高校科研成果转化及服务保障高校教学科研两大部分，但各个企业的功能定位、行业领域、发展目标均不相同，预算编制侧重点也不尽相同。如出版社主要以“版权”作为核心竞争力，技术转移中心、国家工程中心、设计院（规划院）等企业则已“技术”作为核心竞争力。版权和技术的发展创新都需要从战略高度、从长远发展的角度进行布局、积累。高校资产公司目前一切以绩效为出发点的考核监管方式，往往忽视或不重视下属企业的版权和技术积累，长远来看可能会加重下属企业成本负担，导致下属企业逐步丧失核心竞争力，偏离下属企业的战略规划。
2、重编制轻执行，监督作用没有发挥
目前，高校企业预算管理更注重预算经济效益指标的编制以及期末预算完成情况的汇总上，往往忽略预算执行过程中的监管，预算监管工作没有落实到位，预算的监督和调整作用没有被充分利用，使得事中、事后监管流于形式。如资产公司对下属企业的费用预算分析，一般情况下一年仅开展一次，预算分析期间跨度较大，经营过程中预算调整申请的审核也比较宽松，导致预算执行情况与预算计划之间存在较大差异，预算的调整控制作用没有得到充分发挥。事后控制方面，资产公司及下属企业对于预算管理报告的差异分析结果并不够重视，没有深入彻底地分析差异产生的原因，预算分析容易流于形式，没有形成行之有效的KPI指标和考核办法，事后控制也没有发挥应有的作用。
3、预算考评体系单一
高校企业涉及实验测试中心、技术转移中心、国家工程中心、出版社、科技园（产业园）、设计院（规划院）、后勤服务等实施具体业务的企业，以及作为“防火墙”实施统一管理的资产公司。这些企业分属不同行业，功能定位不同，创造价值和实现价值的形式也不尽相同。在这种情况下，高校对不同企业采用相同单一的预算编制、绩效考核方式是不科学的。但在实际工作中，高校对各个不同企业的预算管理仍以财务指标考量为主，忽视非财务指标的考核3，考核主要集中在收入、利润、经济增加值等方面，指标单一片面。