1.对研究生的思想政治教育重视程度不够
学习不够深入。很多高校将研究生思政课设置为必修课，还将其他课程思政考核量化，但解决不了研究生上课和平时学习不够深入的问题。相比大学生需要经历严格考核考察和平时丰富的实践才可以完成有关思想政治教育的学分，研究生思想政治教育书面化考试就显得很“轻松”。另外一个原因是本科生在参加考研时，政治公共课考试需要不断地学习积累，所以受到了他们的足够重视，但有些研究生，因为考研或考博政治“考过了”反而不重视。因此，身为教育者应该保持警醒、见微知著，一旦学生心理把这种“唯分数论”的功利思想根深蒂固将不利于课程思政融合发展，更不利于学生理解课程思政的深层内涵，应尽快找到合理解决学生对于思政课态度的方式方法。
观念更新不及时。思想政治教育理念更新的及时与否关系到国家课程思政体系建设。许多地区的教育厅、教育局、高校领导紧跟时代潮流、重视课程思政改革，但还存在个别教师和学生的观念比较落后的现象。“在教育实践中，高校教师的教育价值观念直接关系到‘高校课程思政’的成效、他们关于个人本位与社会本位的理解、自然价值与社会价值偏向、秩序与自由的偏向、阶级性与公共性的判断、冲突与和谐的内心倾向性以及对生命、义利的阐释、选择、取舍等”，直接或间接影响学生对课程思政的观念。因此需要教育者率先更新观念，再尽可能地采用苏格拉底的助产术教学法，通过追问帮助学生打开思路、创新思维、由表及里地使他们自己发现课程思政教育背后的本质，更新思想政治教育的理念，变被动接受为主动学习。
教学模式单一。目前，无论是思想政治教育理论课还是其他课程思政的形式都比较单一，摆脱不了灌输式、填鸭式教学。一方面，思想政治教育类课程开设的目的是使学生对我国的国情、世情、党情、民情有一个系统性基本史实和理论性学习了解，本科生阶段重在巩固基础、研究生阶段进一步深化为对抽象理论概念的研究学习。这样设置课程的目标是“形成了从专科、本科到硕士、博士研究生等不同层次相互衔接、梯次推进，内容更加科学、结构更加合理的高校思想政治理论课课程体系。”但是在实际教学中，思政教师课堂教学却停留在书本内容，没有启发学生思考知识与实践联系的新思路，没有贴合学生目前的学习状况，而是生硬地讲解思想政治教育，无法真正实现思想政治教育的根本目的。另一方面，其他课程的思政内容和形式不够丰富多样，课堂上没有从课程所涉及的专业前景、行业背景、历史演进、国内外形势等角度拓宽课程思政的内容，使得融入专业课中有关思想政治教育的内容单一乏味，无法使学生深入理解思政内容；讲座类活动过于枯燥、形式主义、案例讲解不够生动形象，往往以说服教育为主，没能使学生产生思想共鸣。
2.研究生课程思政设计不科学
目前各高校尚未达到课程与思政理想融合，普遍存在高校的课程思政建设融合性问题。包括本科课程的课程思政大多是生搬硬套，将思政因素盲目嫁接到专业课，结果就是课程与思政割裂。在专业课课程思政的课程思政教研方面与本科内容相比，存在“换汤不换药”问题。另外，“虽然高校都实行宽口径培养研究生，按一级学科制订培养方案，但课程作为培养方案的核心还存在明显的滞后现象”，而这种研究生课程思政改革的滞后现象带来的问题就是进行课程思政无法紧跟专业及思政领域的前沿问题，课程思政内容愈发流于表面，造成课程思政与专业课程“两张皮”现象。