线索指涉方式形成了一条贯锁横穿的脉络，前文着墨之处暗含后文结局，至关键之处加以点破，给人以恍然大悟之感。《儒林外史》在卷首楔子处便刻画了一个嶔崎磊落的王冕形象，他的适性高洁，是外史中特别立于书前的理想典型的人物形象。王冕批评科举，说：“这个法却定的不好，将来读书人既有此一条荣身之路，把那行文出处都看的轻了！”在和秦老在打麦场小饮之时，王冕左手持杯，右手指着天上的星，向秦老道：
你看，贯索犯文昌，一代文人有厄！”又道：“天可怜见，降下这一伙星君去维持文运，我们是不及见了
王冕夜观星象，以主牢狱之灾的贯锁星冲撞主文气才运的文曲星时所产生的延误预示明代文坛有变，“厄”字更是直接奠定了本文科举蒙尘的感伤基调。这里采取近乎浪漫的艺术手法，由艺术的虚构来反应社会中真实的现象，假托天象，指摘时弊，为全文情节发展乃至各色人物的出场铺上了一层神秘色彩。文中亦多次对“一代文人有厄”[5]作出结构指涉：
第二回：王举人和周进谈话中曾提及荀玫名字的来由：“开蒙的时候，他（荀玫）父亲央及集上新进梅朋友替他起名。梅朋友说自己的名字叫做‘玖’，也替他起个‘王’傍的名字发发兆，将来好同他一样的意思。”
第三回：周学道将范进卷子用心用意看了一遍，心里不喜，道：“这样的文字，都说的是些甚么话！怪不得不进学。”丢过一边不看了…又做了一会，还不见一个人来交卷…又取过范进卷子来看，看罢不觉叹息到：“这样文字，连我看一两遍也不能解，直到三遍之后，才晓得是天地间之至文，真乃一字一珠！”
第三回：到出榜那日范进中举，只见范进看过一遍，又念一遍，自己把两手拍了一下，笑了一声道：“噫，好了！我中了！”说着，往后一交跌倒，牙关咬紧，不省人事。
第六回：范进被钦点山东学道拜见周思业，只见周思业道：“……只心里记得训蒙的时候，乡下有个学生叫荀玫……他是个务农的人家，不知可读得成书，若是还在应考，贤契留意看看，果有一线之明，推情拔了他，也了我一番心愿。”范进听了，专记在心。
同在第六回：范进在生员卷子内查荀玫时竟不识大文豪苏轼：“苏轼既文章不好，查不着也罢了，这荀玫是老师要提拔的人，查不着不好意思的。”
第二十九回：在金东崖和董书办的谈话交代了荀玫的结局“荀大人因贪赃拿问了。就是这三四日的事。”
须知荀玫的名字是由最初新进学的梅玖所取，寓意用王字旁的名字好进学。这一段描写使人极为好奇荀玫是否真的可以中举？也就为下文周进提拔范进进学之后，示意范进须得格外留意这个门生，网开一面使其高中埋下伏笔。荀玫高中是在文中第七回，虽是凭借自己的本事荣登第一，但难免给人留下这样一个疑问：如果未能高中，急于报恩的范进少不得卖弄人情，荀玫在第七回目中虽已高中，但毕竟是穷人的孩子，最初还是保持有善良的天性，但当其与范进等人同流合污之后，那么在第二十九回中因贪赃被拿，亦在情理之中矣。而由周进卖弄人情，主考不公也间接启发我们探寻，范进是否真的具备进学的能力？且这一问题在找寻荀玫的试卷之时也由愁着眉的范进自己暴露：苏轼不查查荀玫，全然不知大文豪苏轼是何人，竟直言苏轼文章不好，遍查不到也是自然，而其他幕客对这一说法也并不质疑。至于周进评价魏好古“当今天子重文章，足下何须讲汉唐”，直道诗词歌赋不重要的理论也着实让人大跌眼镜。可见当时文风败坏，文人思想迂腐桎梏，也照应了文章第一回王冕“一代文人有厄”的预示。
除了楔子处“厄”的预示之外，文中也有用“规矩”构设科举法的弊端，以致造成朝堂无贤人，市井有“四客”的奇怪之相。以“枕箱”为线索带出蘧景玉父子被动招惹的一系列是非，亦为因枕箱所涉及的蘧公孙冒充名士发表枕箱中之文章，宦成双红私奔后以枕箱讹诈蘧公孙，马纯上仗义疏财等后文设伏。在《儒林外史》的线索构建上，作者线索点染，文笔勾勒此起彼伏，始终吸引着读者的阅读兴趣，每于风平浪静之处巧设波澜，作者文笔之高超也就不言而喻了。