（一）预算编制方法落后、单一
预算编制是预算管理的起点，目前国内很多高校在编制预算时一般采用增量预算法来编制，这种方法以上一年度的预算执行为参考依据，结合新一年度的工作规划做少量调整，这种方法的优点是操作简单，但缺点也很明显，在上一年度的预算基础上只增不减，意味着全盘承认上一年的预算执行的合理性，缺乏对上一年度存在收支不合理问题的反馈和修正，不合理的预算执行将继续在下一年度进行，使得资金浪费和随意使用的现象无法得到遏制，进而导致校内资金使用效率降低。
（二）预算编制目标主体参与度不足
高校预算的编制内容涉及到全校各个行政部门、科研院系、二级单位等诸多部门的年度资金筹集和安排，各部门在编制年度预算时往往简单参考上一年度的资金使用安排，对本单位的年度预算做一个基本的判断，或者在编制预算时仅考虑自己部门的利益，没有兼顾其他部门利益，不利于实现全校的总体目标。此外，还有一些部门未能充分认识到预算编制的重要性，认为编制预算是财务部门的工作，参与意愿低，预算编制效率低。预算目标主体对于预算编制的低参与度直接导致预算执行和预算监督的困难。
（三）预算编制内容粗放
高校内部的预算编制通常是在既定的流程下，依据既定的格式来完成预算编制，在很多项目的预算支出方面，没有明确的测算方法，也没有充分的调研，缺少测算依据，缺乏必要的科学论证和量化分析，导致预算编制内容与实际情况偏差较大，甚至经常发生超支现象，预算编制缺乏合理性、科学性和严谨性，难以发挥预算管理的调控作用。