在全国教育大会上，习近平总书记强调，思想政治工作是学校各项工作的生命线，各级党委、各级教育主管部门、学校党组织都必须紧紧抓在手上。要精心培养和组织一支会做思想政治工作的政工队伍，把思想政治工作做在日常、做到个人。总书记的这些重要论述将思想政治工作提到了前所未有的新高度，高校作为思想政治工作的主阵地，研究思政课教师与辅导员两支队伍在高校合力育人工作中存在的障碍性因素是为必然要求。
（一）育人主体彼此认同感低
高校思政课教师是专职教师岗，大部分拥有博士研究生学历，主要工作是教学与科研，与大学生的接触主要在思想政治理论课堂上。辅导员主要从事大学生思想政治教育与日常管理工作，学科背景多元，与学生接触多，对学生群体较为了解。两支育人队伍平时工作交集少，思政课教师认为辅导员只是大学生的日常管理与服务者，缺乏思想政治学科相关专业知识，理论素养不深厚，难以胜任“大学生成长成才的人生导师”角色。从辅导员的角度来看，思政课教师只是照本宣科完成教学任务，并没有与时俱进深度了解大学生的所思所想，没有结合专业所长解决大学生在实际中遇到的思想问题。因此，两支育人队伍因缺乏沟通交流机制造成彼此认同感低，双方的固有印象直接导致两支队伍的角色互构存在内容单一和动力缺乏的现实困境。
（二）缺乏合力育人协调机制
第一，在高校的管理体制上，思政课教师归属于马克思主义学院，而辅导员由学生工作部门与二级学院双重管理。由于两支队伍的主管部门不同，在考核机制上大相径庭，彼此工作的侧重点也就趋于平行。第二，部分高校党委虽然意识到两支队伍缺乏合力育人机制，但并没有落实在系统设计与执行上，在打破传统管理模式，建立合力育人平台等方面未开展实质性工作。第三，两支队伍的工作交流以私下、非正式形式为主，缺乏高校建立的常态化沟通机制，导致育人合力分散，难见成效。
（三）学科壁垒分化育人主体
辅导员队伍要求“具有从事思想政治教育工作相关学科的宽口径知识储备”，从近年高校辅导员招聘来看，多数以人文社科类专业为主，也有部分高校不限专业或以学校相近专业为招聘条件。而思政课教师专业较为统一，基本为马克思主义理论相关学科。伴随着思想政治理论学科的不断发展，学科壁垒将成为思政课教师与辅导员合力育人的屏障，势必造成理论教学与实践教学的日益脱钩，对高校思想政治工作的育人成效将造成冲击，更难以形成思政课教师与辅导员合力育人的良好局面。