（一）保护体制机制现状
万年县为保护遗产地的物质资源，先后投入大量物力和财力对其进行修缮和保护。目前仙人洞遗址已被列入省级风景名胜区和国家重点文物保护单位，并在2008年颁布了《关于加强神农源（仙人洞）风景名胜区生态保护规定》。万年贡米的栽培技术已被列为省级非物质文化遗产。2005年，荷桥村被公布为贡谷原产地区域。自2010年万年稻作文化遗产被列入“全球重要农业文化遗产名录”以来仙人洞-吊桶环遗址、万年贡米及其栽培技术等获得了诸多荣誉称号，政府也出资加以修缮，但在实际保护过程中缺乏明确的保护行动以及国家甚至国际性的保护。万年县作为世界稻作文化起源地，不仅是中国的财富，更是世界的财富，但政府对传统的万年稻作文化遗产的保护力度不足，其未来保护与发展仍将面临着重大挑战。
（二）各学科领域研究进展
上世纪50年代，考古学者在仙人洞遗址中发现了距今约12000-14000年的稻植硅石，经研究后，万年县被认定为世界稻作文化的起源地。1995年由美国考古学家布鲁斯·史密斯编写的《农业的出现》在美国科学图书馆出版，万年稻作文化系统被记录在其中。我国学者对万年稻作文化系统的研究最多出现在2007-2010年期间，之后便处于基本停滞状态。2010年后，我国关于万年稻作文化的参考文献大多是对文化方面的研究，对其旅游发展方向的研究也相对较多，大多是以万年稻作文化带动万年县旅游业发展，从而促进经济增长。万年贡谷作为万年稻作文化系统的重要物质载体，对其研究却相对较少，最早出现在2005年，也只是对稻作文化整体进行论述，直到2017年才出现了对万年贡谷和野生稻具体研究的参考文献，但随着现代技术的发展，对万年贡谷的栽培与驯化也在不断加深，万年人通过将现代农业技术和传统农耕技术相结合，目前万年栽培稻已经培育出了一百多个品种。根据文献检索显示，2020年起，各领域学者逐渐开始了对万年稻作文化的研究，虽然并没有出现新的深入研究的方向，但足以证明各领域开始了对万年稻作文化的探讨。总而言之无论从农业、文化还是遗产方面，我国对万年稻作文化系统的研究都比较匮乏，有待进一步提高。
（三）多功能价值展现
江西万年稻作文化系统经过长期的保存和运作，充分的利用了土地资源和大气资源，依旧延续农耕时期的“天人合一”的哲学思想，秉持着因地制宜、水旱轮作、不违农时和顺应自然等自然观，通过保留东乡野生稻的生物基因，为生境的物种多样性和农业种质资源提供了保证。贡谷的生长在农林生态系统的生物多样性保持中具有重要作用，在贡谷的栽培生产过程中形成了高效资源利用模式。
万年稻作文化系统作为全球重要农业文化遗产之一，所展现出的是一种“农业”与“文化”相结合的形式，农业生产活动继承了农耕时代与自然和谐共生的农耕文化思想，取其精华，去其糟粕。“文化”以一种非物质形态存在于稻作文化遗产体系之中。在种植水稻以来，各项栽培技术、民俗活动等非物质文化遗产伴随着物质文化遗产逐渐被人熟知，使整个万年稻作文化演化链在继承传统优良农耕文化的同时随着时代的发展而发展，其文化体系在发展过程中不断被赋予时代内涵。万年人世世代代传承下来的稻作文化是无价之宝，其中蕴含的民族精神是一本本“活”的教材，极具教育意义。
上世纪50年代仙人洞遗址中栽培稻植硅石的发现，为中国是世界稻作文化之源奠定了物质基础，将水稻的栽培历史推到了12000-14000年前。目前东乡县保留的野生稻物种的抗逆性是其他野生稻物种不具备的⑪。东乡野生稻和万年贡谷的独特性质为水稻物种多样性的研究提供了重要的生物材料。与稻植硅石同一阶段出土的还有一些陶器和耕作工具等，在传统的石器时代，石器成了古万年人唯一的耕作工具，这不仅为研究传统农耕文明提供了物质材料，还为对历史文明的研究具有重要意义。