1.脱离市场需求
高校申请的专利很大一部分是在申报项目、评职称等需求下衍生的，很少是在真正了解产业现状的基础上，根据产业需要进行研究并申请的。这往往就会导致高校存在较多脱离产业需求的专利，也就是说这部分专利可能没有运营价值，在目前的市场环境下是无法实施的。另外，高校所掌握的以理论研究为主的基础专利，是为跑马圈地用的，暂时不需要用于产品的实际生产，这在一定程度上影响了专利的运营。
2.专利价值难以评估
专利价值评估是专利运营的重要基础。从资产的角度来说专利权是一种无形资产，因此专利的价值就必须要经过评估。然而专利的价值评估目前仍然是一个难题。由于高校专利可能存在脱离市场需求的情况，因此评估起来则更为困难。2017年9月，中国资产评估协会印发了《专利资产评估指导意见》，其第二十条明确了专利资产评估应当分析的事项及其对专利资产价值的影响，其中第2项指出“专利权利要求书所记载的专利技术产品与其实施企业所生产产品的对应性”。这也进一步说明了在进行专利评估时需要将专利技术产品与实际生产的产品相结合，而高校的绝大部分专利并未生产实施，这也就使得高校专利更加难以评估。
3.缺乏专利管理及运营部门
高校的专利一般由发明人以高校作为申请人进行申请并管理。基于项目申报等需求下滋生的专利，发明人因投入科研项目等原因无心管理，而很多高校又缺乏专门的专利管理及运营的部门，这就使得高校的不少专利授权后第二年就因未缴纳年费而失效。2020年3月9日，国家知识产权局发布了《2019年中国专利调查报告》，报告显示，在其抽取的高校样本中建立知识产权专职管理机构的比例为17.6%；建立兼职管理机构的比例为38.3%；尚未建立管理机构的比例为44.0%。2021年4月28日，国家知识产权局发布了《2020年中国专利调查报告》，报告显示，在其抽取的高校样本中建立知识产权专职管理机构的比例为44.2%；建立兼职管理机构的比例为45.7%；尚未建立管理机构的比例为10.1%；这表明一半以上的高校缺乏专职的专利管理部门。同时，部分高校虽然有专职的知识产权管理机构，但其管理机构可能仅从经费等角度对专利申请的前期进行管理，并未真正地促进专利权的运营。