2018年，南京工业大学交通运输工程学院迎来了跨院大类分流学生，共5个班，约200人，分流前为土木工程学院土木工程类学生，后分流至交通运输工程学院城市地下空间工程、铁道工程2个专业，为保障学生顺利大类分流，学院在学工管理模式上推行有力举措，取得良好效果。本课题取样南京工业大学交通运输工程学院学生，使用自编网络问卷，对学生与学工管理人员开展问卷调查、个案研究与访谈座谈等，展开细致深入的实证调查。
（一）挑战1：配套制度体系
大类分流实行中，尽管制定颁布了众多涉及人才培养、学科建设、教学资源拓展等的方案和办法，至于学工管理，绝大部分依然使用先前的政策制度，有关体制与考评机制限制了大类分流学院大力革新学工管理。首先，高校上级管理部门对实行大类分流与未实行大类分流的学院开展年度考核时，依然使用无差异的方案，未对大类分流学院分班、分寝等导致的学工管理复杂度增加而设置分类考核，未充分调动大类分流改革学工管理的热情与动力；其次，大类分流之后，高校在学工管理人员分工协作、奖惩资助，评奖评优等问题上，面对暴露出来的新问题，配套制度体系有待完善，极有可能在进行学工管理过程中存在学工队伍各自为政、工作效度差强人意等现象。
（二）挑战2:学生管理方式
在宿舍方面，实行大类分流的高校绝大部分在分流后会选择重新变更宿舍，导致部分学生变更新舍友、租借新设备、培养新感情，一方面，给高校宿舍管理部门与学生本人增加了额外的工作量；另一方面，容易引发学生心理健康问题、人际关系、宿舍矛盾等。更为重要的是学生群体，大类分流之后，新的宿舍与班级重建，新班委、辅导员、班主任的变化，导致学生先前已经形成的生活、学习圈不复存在，促使学生缺乏认同感、向心力，抵触参与集体生活，与此同时，教师也难以短时间掌握学生思想状况，难以帮助学生树立正确的价值观。从信息重组角度看，大类分流势必导致高校多部门、多系统的信息重置与衔接等，比如宿舍、学籍、档案、评奖评优、入党等，给新班级的学工管理人员增加重复工作量；此外，学生入校后确定专业很有可能使得生源在不同专业间的配比不均衡，专业过冷或者过热，学风呈现完全不同的状态，优等生扎堆在优势专业与成熟专业，导致班级人数超出名额指标，差等生转到相对弱势专业或新兴专业，班级人数低于名额指标，更有甚者，出现有的专业无人申报的窘境，给班级管理工作带来了较大困难。