1.顶岗实习机制不完善
部分水利类院校学生的顶岗实习的目标仅仅是完成顶岗实习的任务要求，缺乏对学生进一步职业能力的要求，造成学生对顶岗实习的目标认识不清；其次是对完成的顶岗实习的内容体系深度不够，每日简单重复进行相应的工作，没有职业思考和规划；第三，学生外出实习，安全是第一要素，也是实习管理重中之重，学生与顶岗实习企业签订的协议往往是大框架，对涉及到学生购买保险，安全教育、事故应急等安全保障措施等内容较少；第四，对学生的监督管理主要是由指导老师完成，由于水利类行业的特殊性，学生的顶岗实习地点一般位于偏远的地区，指导老师无法到达现场进行指导，对学生的监督主要是通过QQ联系，电话沟通等方式进行，同时与校外指导老师的联系偏少，不熟悉学生在顶岗实习状态，往往是通过学生的提交月记和顶岗实习总结了解学生的状态，故存在严重的滞后性，造成一些事故的发生。
2.顶岗实习制度不全面
部分水利院校存在着顶岗实习组织管理制度不完善、指导老师跟不上、管理人员配备不齐全、管理方式粗放、成绩评价方式不全面等问题。部分高职院校的顶岗实习由院系负责就业的领导、或相关的干事负责总体布置与协调，具体的指导老师按照惯例进行实施，随着就业形式和学生状态的变化，这种顶岗实习组织方式的往往流于表面，无法到达真正的顶岗实习目标。顶岗实习一部分指导老师由于长期处于封闭式教育，与行业最新规范、技术方法脱节，另一部分老师由于是从学校到学校的过程，没有企业工作经验，无法帮助学生解决在顶岗实习遇到的问题，造成指导老师跟不上的行业发展、学生职业发展等状态，“双师型”指导老师严重缺乏。同时随着高职人数的逐年扩招，大部分的院校的师生比达不到要求，校外顶岗实习的指导老师和学生配比甚至高达1:30，顶岗实习学生人数众多，且学生大多数采用分散实践方式，存在实习单位分散、实习的岗位不同、实习地区分布广、实践地点偏僻等问题，同时在校内，指导老师还有繁重的教学任务，无暇兼顾到众多的顶岗实习生，造成学生长期处于一种“放羊式”实习状态；学生顶岗实习最后的成绩往往是由指导老师根据学生提供顶岗实习报告进行评定，缺乏全面性。
3.顶岗实习岗位不匹配
顶岗实习这一实践环节是对学生所学专业知识的应用，更是学生运用专业知识解决实际问题的第一次尝试，所以顶岗实习的专业匹配度对学生顶岗实习质量有着重大的影响。目前对大部分院校来说，顶岗实习存在着“一头热、一头冷”的状态，学校为了实现人才培养方案目标，积极与企业达成合作意向，希望企业能提供更多优质、对口的实习岗位给到学生。企业从自身的利益出发，第一，希望找到一些合格、优秀的实习生能缓解暂时的用工荒，减少成本支出；第二，由于学生的专业技能的局限性，为了减少质量成本支出，只能提供给学生一些简单、基础、重复性的岗位工作，造成学生的顶岗实习目标达不到；第三，对口水利类大企业提供的顶岗实习岗位稀少，只有小部分学生能在此类企业中进行基础类工作的顶岗实习；大部分学生只能到一些管理不规范，技术水平低民营小企业寻找专业顶岗实习岗位，这类企业中学生往往是“万金油”，那里缺人就往那里填，专业岗位型差；另外还有一部分学生寻找到岗位可能是与专业完全无关的岗位，学生无法获取相应的专业顶岗实习经验。