(一)实践教学薄弱，本土化CDIO过程中，缺乏承载专业技能的优质项目，学生个性化发展和团队发展兼顾困难。
CDIO倡导“基于项目的教育与学习”，学院引入CDIO理念后，项目组织以小班化、团队式、小组式开展，教师根据个人专业背景或研究课题提供项目，学生自主选择感兴趣的项目，旨在充分尊重学生的学习兴趣，实现因材施教，促进学生的个性化发展。
目前医学信息类专业教育普遍存在实践教学薄弱、学生动手能力不强，师资素质需尽快提高等问题。（5）在CDIO项目开展过程中，学生积极深度参与项目的比例不高，个体需求不强烈，团队进步不明显，个性化发展有所欠缺。项目的团队组建、带教方式、内容设置、评价方式等都是以项目组为单元，加之，教师专业背景比较单一，或为中医药领域，或为计算机科学技术范畴，教师自身的中医药信息化能力处于待提升阶段，因此具有高阶性、创新性和挑战度且连续承载专业技能的优质CDIO项目所占比例不高，大量项目夭折，参与学科竞赛或创新创业大赛获高级别奖励的比例也不高，学生团队发展和个性化发展未能充分兼顾。
(二)CDIO项目选题多样，交叉学科涵盖面广，内容较分散，学生专业技能学习不深入。
CDIO项目带教以教师擅长的学科和科研方向为基础，涵盖中医药学、计算机科学、信息管理学等方面的内容，呈现出选题多样化、交叉学科涵盖面广泛、内容分散等问题。学生对知识掌握停留在浅层，应用到实际项目少之又少，项目研究局限在小组成员内，与其他小组的沟通交流不多，影响和制约了学生之间沟通交流产生的思维碰撞，不利于本专业学科建设的可持续发展。