（一）学科基础薄弱，培养方向分散
在中国石油大学（华东）这一行业高校中，物理学学科的主要职能是支撑学校大面积的物理类公共基础课教学，学校对物理学学科建设的投入相对有限，平台基础薄弱，学科发展比较缓慢，在第四轮学科评估中的评估结果仅为C-。另外，物理学科建设方向不集中，培养方向也比较分散，既没有在物理学领域形成自己的优势方向，也没有将物理和学校优势学科做好交叉，培养自己的特色方向。
（二）导师队伍薄弱，高层次人才缺乏
由于是行业特色型高校，学校发展重点是能源优势学科，物理学科的主要职责是做好基础教学，所以物理学师资队伍建设主要考虑物理类基础课程的教学需求，对学科发展和研究生培养考虑较少，高层次人才很难引进。另外，现有导师研究方向分散，学科管理也相对松散，这也阻碍了高水平导师团队的培育和形成。这两个方面共同导致了学科学术研究相对落后，对本领域或者相关行业急需的基础理论、技术问题缺乏规模化、系统性的研究，创新性成果较少。没有创新性研究成果，学校在学科的投入就会更少，形成了恶性循环，成为物理学进一步发展的瓶颈。
（三）创新人才培养体系不完善，体系要素不协同
由于学科基础和导师队伍都比较薄弱，导致研究生创新人才培养体系不健全。从导师队伍、课程体系、实践平台到创新实践都没有在统一的指导思想下建设，没有形成创新人才培养的合力，主要表现为：①培养特色不鲜明。在研究生培养中以物理学领域为主，与能源领域交叉较少，导致的学生基础理论厚重、应用能力不足，在应用领域缺乏原始创新的能力，也不能充分利用学校优势学科的资源。②体系要素不协同。原来研究生培养体系中，导师团队、课程教学、实践平台和创新实践等要素不协同，在能源特色和创新素质培养方面没有形成合力。③创新培养不全程。传统研究生培养过程，没有全过程考虑研究生的创新素质培养。