（一）教学方式过时，重心不明显
1.重理论知识，轻实践能力
国内大多数院校遵循“做实验，发论文”的教育理念，且临床药学硕士教育学制3年中，用1年的时间来学习理论，剩下两年的时间主要是课题研究，所以在临床实践的机会太少，使得培养出的人才在临床经验和技能方面明显不足，也阻碍了医药知识相互融合的进程，亦不能有效满足社会对临床药学高层次应用型人才的需求。
2.“医药分离”现象较严重
临床药学的性质和作用决定了其教育需综合运用药学和医学两方面的知识，且临床药学教育旨在培养能够为临床服务的药物治疗人才。而分析国内临床药学教育现状，一个明显的特点就是以“药”为重心，而“医”的比重微乎其微，这有违我国发展临床药学教育的初心。
（二）思想政治教育和人文素养培养未与专业培养融合发展
调查显示，目前，虽然我国越来越重视临床药师规范化培训，但有关临床药师政治思想教育和人文素养的培养还远远不够。而且，开展政治思想教育和人文素养培养的单位，也存在教学内容死板、形式单一化、成效欠佳等情况，且在实际工作中理论也几乎没有被实践，这同时阻碍了学生和专业教育质量的全面提升。
（三）药学专业学位与职业资格未有效互通
在美国、日本等一些发达国家，获取药师职业资格证书往往要以药学专业学位为必要条件，两者的匹配无疑是当代产学研结合培养模式的最好体现，在提高药学专业学位教育质量方面也起着举足轻重的作用。在我国，有三个培养药学专业学位的领域:工业药学、临床药学、管理药学，这些领域与职业资格证书均未取得较好衔接。
（四）医疗机构对临床药师的硬性需求无法满足
《医疗机构药事管理规定》明确说明：医疗机构需配有临床药师，三级医院的药师数量至少有5人，二级医院至少有3人。而根据数据显示，随着国家的重视和大力发展，虽然临床药师的数量在逐年增加，但这远不能满足医疗机构对临床药师的规定需求，加之据调查显示，国内临床药学专业毕业生就业去向约半数为医药企业，就使得临床药师供不应求。且医疗机构临床药师配备的规定尚未完全落实。