1.对于专业课程思想政治教育重视程度有待加强
专业课程的思想政治教育在医学院校里受到的重视程度有待加强，学校在教育经费以及教育研究方面对专业课程的思想政治教育投入较少，关注不够。同时，受功利主义的影响，医学院校的部分学生重实用、轻思想政治学习，重眼前利益、轻长远人生规划，认为专业思想政治教育枯燥乏味，没有实际意义，对自己的人生没有太大的指导作用，因此上课表现消极。再加上医学院校的学生专业课程任务较重，专业课占据了大部分时间，专业思想政治教育更无暇顾及，学生不关心政治，不关注时事，使得专业课程思政教育的实时实效结果不理想。因此加强专业课程思政建设显的尤为急迫。
2 专业课程思政内容和形式僵化，教师队伍思政专业性能力有待提高
中医院校专业课程思想政治教育中，思政内容不能很好的和专业知识相结合，部分教师照本宣科，语言枯燥乏味，讲授的理论和实践脱节，脱离学生生活，把脱离了中医药文化特色的知识强制灌输给学生，导致学生兴趣不高，消极怠工，从而影响了整个中医药学生综合素质的提高。另外，高等中医院校的专业课程思政教师大多毕业于中医药大学院校，具有丰富的学科专业知识，但却缺乏必要的思政教育的专业能力，无法将中医优秀文化和思想政治理论进行很好的结合。专业课程思政内容和形式僵化，教师队伍思政专业性能力有待提高
3 专业课程思政缺乏明确的标准及有效的评价体系
对各类专业课程进行“课程思政”没有明确的要求和考核制度。对于“课程思政”理念仅停留在文件和会议上，并未采取相关具体措施。在人才培养方案中将专业知识传授和技能培养的要求细化、固化，将“课程思政”的要求边缘化、随意化；在教学过程中教书和育人背离，导致部分专业课教师对“课程思政”没有兴趣，自觉意识有待加强。