（一）认识观念的局限
1.人们普遍认为只要研究的问题或使用的知识、技能超越了单一学科就是学科交叉。交叉学科建设缺乏对科学发展规律、社会现实需求的分析研判，交叉方向缺乏理论和现实意义，参与交叉的学科合作基础薄弱，工作流于形式，路线发生偏差，使交叉学科建设陷入困境。此外，利于交叉学科发展的制度建设不足或宣传不够，导致人们认为交叉学科基于原有的学科建立产生，在人员、平台、设备、资金等方面必将削弱原有学科的建设力量和资源，主观上排斥交叉学科建设。
2.长期以来，各学科独立发展，形成了鲜明的学科界限和坚固的学科壁垒，大学教师多“以学科为中心”组织开展教学、科研活动，固化思维影响严重，更偏向于在熟悉的领域进行研究建设，导致彼此间难以交流融合，无法形成合力。此外，不同学科的研究对象、方法、思维、表达存在差异性，容易形成各自独特的学科文化，跨学科研究获得的认同感不足，致使学科带头人和学术骨干主观上抗拒与其他学科开展合作、共享。
3.大学的人才培养更偏重于专业人才的塑造。就读于以学科为标准划分建设的各学院中的本科生、硕士生、博士生，入学之初就要选定攻读的专业和研究的方向。按照各学科制定好的培养方案、课程体系、实习实践等模式进行专门的教育、培养，以期塑造出具备扎实的学科专业基础、熟练的学科专业技能的专业化人才。高度专业化的培养模式必将导致教育教学、实践研究的局限，不利于学生视野和思维的开拓，在一定程度上影响其就业和后续发展。
（二）管理体制的滞后
1. 现行的科研管理制度下严格明确的学科划分限制了原创性科研成果的产出。如今，大学多以学科带头人或学术骨干组建团队形式开展科学研究，同行间沟通密切，跨学科交流缺乏，没有形成保障、促进交叉学科交流合作的体制机制。这种模式导致大多数科研团队跟风模仿、思维受限，为降低研究风险裹足不前，严重影响我国原创性理论、技术的创造和发明。
2.交叉学科见效慢，成果产出周期长。若按现行的学科管理制度，处于起步、发展中的学科，在客观上难以获得校内外的资源和其他学科的支持。此外，交叉学科不确定性大，失败风险高，虽然，现在很多大学推出“鼓励学科交叉研究”等类似的政策，但并未真正落到实处，学校实质上支持学科交叉的积极性不高。
3.在现行的科研管理制度中，交叉学科的成果认定不够科学、合理，导致参与交叉学科建设的科研人员难以获得认同和肯定，无法获得合理的绩效考核、职称评定和奖励晋级等。此外，以交叉学科为研究方向的研究生毕业论文选题、学术论文发表、 毕业设计评审等都很难找到合适的专家进行认定和评议，因而其学术成果难以得到较高的评价和认定。
4.学校自主增设的交叉学科未列入教育部的学科目录中，无法直接参加政府、社会的学科评估、评价、考核，交叉学科产生的成果、成效难以直接体现在各类排名中，无法获得广泛的学科知名度和社会认可度。由此，也导致以交叉学科专业为第一志愿报考的学生人数较少，大多都为后期调剂，不利于教育、教学中学生认同感和归属感的产生和培养。
（三）评价指标的固化
1．我国现行科研评价体系中，多以定量评价为主，定性评价为辅，存在指标单一、过度量化等问题。对于交叉学科的科学、合理的评价指标更是严重缺乏，评价指标还是固化于原有单一的学科体系中，很大程度上限制了教师交叉学科研究的积极性，致使研究人员固步自封，不愿主动进行跨学科的交叉研究。
2.在现行的评价体系中，组成交叉学科的多个基础学科处于非合作博弈模式。跨学科成果在认定时，一方得益必然意味着其他合作方吃亏，一方得益的越多，其他方吃亏的越多。学科间由“合作关系”变为了“竞争关系”，合作共赢成为了空谈，合作基础被削弱。