（1）专业课课程思政主体责任不明，思政与专业课相互隔离
高校教师中的80%是专业教师，高校所有课程中的80%是专业课程，学生所有学习时间中的80%被用于专业学习。以往课程思政育人的主要担当者是思政课老师，对大量的专业课教师则没有专门的思政要求，多年来形成了专业课教学与思政隔绝。正是这种对专业课教师担当思政育人、价值观塑造，一直没有明确规范和要求，使得专业课课程思政、课程育人失去了依托，于是思政育人与专业课互不相关，长期以来占据高校教学主阵地、主渠道的80%的专业课程，形成了在塑魂育人担当方面的缺失，使得专业课立德树人、价值塑造担当效应大打折扣，这就形成了本文强调的思政与专业课的教学育人方面相互隔绝、互不相关的两张皮问题。
（2）思政融入专业课教学是一个重大转型的庞大工程。
专业课类型和种类多，专业课在课程总量中占据绝大多数（8成以上），是学生得到学校专业技能培养的主渠道。而专业课中确立课程思政目标、融入思政内容、做到思政与专业知识和专业技能恰当结合与平滑融入，这在以往教学模式中不曾有相应的规定。所以，课程思政恰当的融入专业课，是一种教学模式的重大转型，无论是人文社会科学类专业、还是理工农医类学科专业，专业课教师、专业课课堂从此以后要担当思政育人责任，这是一件需要广大一线教师明确认识、强化自觉，要做大量创造性、开拓性研究与调适的庞大工程。
课程教学中融入思政内容，存在融入哪些思政内容，如何与专业课内容结合；如何在教学各个环节中落实、融入思政；如何掌握融入的份量和角度，等一系列问题。在课程教学过程中担当思政育人责任、担当价值塑造责任、担当立德树人责任，是一个专业课思政育人从无到有、从零散到规范、从弱到强的过程，而在这些转型过程中，一个时期内两张皮的存在是回避不了的问题，而消除两张皮将是课程思政体系建设成功与否的关键。
（3）专业课教师对思政内容理解把握以及主动性、积极性上存在差别
各专业课教师对思政内容存在着：理解、把握是否到位；思政与专业课恰切结合能力存在差别；对推行、落实思政课重要性的认识有差距。加之，各专业课教师自身存在着政治信仰、思想品德修养、价值观等方面的差别；这些差别在短时间内难以一下拉平，于是，推行专业课思政育人后，思政与专业课的两张皮问题将会是课程思政体系建设中的现实问题和关键问题。并将在较长一段时间内持续存在。这就必须引起我们的重视。直面问题，寻找到解决两张皮问题的突破口和切入点，这会是整个课程思政体系建设的关键。
另外，课程思政建设初期，还存在以下诸多问题：课程思政分类要求不够明确、具体，缺乏相关的典型示导；以往既有教学模式、教学习惯，惯性强大；课程思政案例、习题、考试等教学环节有待建设和完善；相关的课程思政落实的组织体制机制有待进一步建立和优化；有关的评价和支持平台、组织平台有待健全；各方责任担当、责任边界与责任问责机制有待于明确与划分等等。可以说直面两张皮问题的存在与表现，针对性的找到解决两张皮问题的方法，是实现全员全程全方位育人大格局目标的关键。