理性选择制度主义认为，评价一个政策的制度绩效，可以从经济效率、融资均衡、社会正义（再分配的公平）、问责制（责任）、与普遍道德相一致以及制度的适应性等6个方面进行。高校教师聘用制是大学人事制度的核心,也是现代大学制度的重要内容。聘用制的制度逻辑体现在价值、运行、发展三个层面，即实现权利义务的合理分配,发挥“四要素”的互联效力，追求岗位聘用关系和人事聘用关系的侧重与平衡。基于这些方面，高校教师聘任制已有一定进展，但行动情境的局限下行动者们以利益取向和利益冲突为核心的有限理性使制度的运行中出现一些问题，主要在于制度的效率性、公平性与适应性上。
（一）效率问题
当前，高校教师的基本原则是按需求设岗，而高校的需求是远超于想象的“无底洞”，因此，现实的也合乎逻辑的岗位设置依据其实并非仅仅是需求，而是因事、因人（资质与能力）和因钱三者的结合，其岗位设置的目的，不仅在于把合适的人分配到合适的岗位上，更在于能够让有限的资源得到最合理配置并发挥最大效率。一方面，各高校教师队伍结构仍存在优化空间，针对高端人才的吸引力不足。我国211与985高校相较于世界顶级高校，其对高端人才的吸引力仍略显不足，人才流失现象依旧存在。这与优秀人才难以获取相匹配的职业待遇与发展空间相联系。值得关注的是，教师队伍的老龄化趋势逐渐凸显，且以高校组织发展历史悠久的C9院校最为严峻，存在抑制高校学术创新活力的隐忧。另一方面，高校教师聘任制带来的办学效应低于预期，高校教师岗位资质要求难以完全明细化。尤其体现在教学与科研能力应占多少份额上。“择优聘用”一直是高校教师聘用的主要准则。然而人的能力偏向于一种内隐性的品质，一定的外在指标的进行量化使得衡量评测存在争议。因此，当前学术界考核个人能力是以同行特别是资深专家评议为主，评议结果本身就是关于学术水平的认定。学术界出现的“五唯”之弊病既有宏观政策环境的偏好的缘由，也与高校聘任制改革过程中的绩效导向脱离不开关系。基于绩效的视角，更倾向于把高校视为满足外部政治与市场需求的销售型组织，关注的是效率而不是开放社会中高校应承担的核心责任，是把它视为一个商业化的知识生产组织而不是教育机构。
（二）公平问题
高校教师聘任制对公平问题的争议主要在教师发展空间与教师薪酬分配上。首先，从学校出身的角度，不同区域、不同层级高校的教育资源存在差异，不同教师的发展空间的公平性难以保障。教师从自我实现的角度往往会选择经济发达、优质的学术科研环境的高校，这使得西部以及东北部的落户区域的高校的师资人才紧缺，而东部发达区域的高校教师岗位竞争激烈，优质的学术资源往往使相对稀缺，出身“一般”的教师往难与“学术精英”等进行平等的进展，权力的“不对等”使弱势教师群体的话语权难以得以真正正视，挫伤了部分教师对整体高校制度环境的公平认同感。其次，不合理的教师薪酬结构设定引发公平的争议。我国高校教师薪资结构设计的目的是要体现多劳多得和优劳优酬原则，多劳多得一般基于绩效考核，按分数折算发放奖励，优劳优酬则按岗位设置发放固定津贴，其对象则一般为特岗、专岗以及准聘长聘系列教师。优劳优酬的受益为少数群体，与其他群体的薪酬收益差距过大。最后，从教师与高校的关系来看，存在“形式平等”而非“实质公平”的问题。在教师聘任制下，高校与被聘教师之间具有平等的法律关系，聘用合同基于双方平等意愿的原则上而生效；然而，在具体的聘任实践中，高校人事部门与管理者往往是规则的主导方与命令方，受聘教师处于被动的、服从的、被支配的低位，教师在体制下与高校形成负责的人身依附关系，这种不对等的身份使两者的协商难以真正平等化。
（三）制度适应性问题
我国高校教师聘任制改革经历了从试点发起逐渐转向全面推行，整个探索过程既有成功的经验征象，也存在部分突出的问题指向，这反映了制度与环境融合之间的矛盾，换言之，即制度的适应性问题。一方面，部分高校教师聘任制的改革缺乏充分的现实条件的支撑，包括内部机制结构与外部环境。如在新旧政策与制度转换过程中，构成多数的存量如何消化和盘活，涉及学校的稳定发展问题；新的政策与制度框架下，增量部分合同的法律效以及可能存在的争议问题；在整体学术劳动力市场流动机制尚不顺畅以及中国人家庭安置顾虑重重的环境中，人员被动流出将陷入困境的问题等等。另一方面，美国高校教师终身轨与非终身轨并行的制度体系以及“非升即走”制引起世界各国争相模仿，而“舶来品”在我国的生长土壤并不成熟。对于部分高校而言，它能否有充足的高校环境条件与配套制度设施支持来行使教师自主聘任权？以及能否承担由此引发的各种预期内与预期之外的争议与压力？