1、育人功能不突出
高职院校对创新创业教育越来越重视，增设创新创业课程、开展创新创业专题讲座、举行创新创业比赛等各项创新创业教育逐渐铺开。通过相关教育学生创新思维得到锻炼、团队协作精神逐步增强，理论和实践能力都有所提高。但在教育内容上涉及思想政治教育内容却偏少，不能很好的将思想政治教育内容融入到创新创业教育中。缺乏爱国主义教育、 法制教育、道德观教育等方面内容，不利于学生金钱观、价值观的树立，影响学生创新创业工作的开展。
2、师资队伍不健全
高职院校创新创业教育过程是老师引导学生获取创新理论相关知识、锻炼创新思维，提高创新创业能力的过程。作为创新创业课程的老师，须有一定教学经验，在创新创业领域有扎实的理论知识，有必要的社会创业经验。目前学校在创新创业师资上比较短缺，承担本门课的教学任务的老师，大多来自刚毕业新入职的辅导员，或是来自其他管理岗位的老师，这些老师在创新创业教学上没有经过系统的培训，缺乏创新创业教育方面的理论知识和实践经验，对创新创业教育内涵的理解不够深入。另外，这些老师的日常工作比较繁杂，没有充足精力开展创新创业教育理论研究，不能及时把握先进的创新创业理念。影响高职院校创新创业教育实施效果，不利于学校对高素质应用型人才的培养。
3、课程体系不完善
创新创业教育在国内已有半个世纪的发展史，近年来呈现蓬勃发展之势。相关研究大都建立在国外理论基础上，贴近我国国情的本土化研究相对较少，完整的教育体系尚未形成，教育目标含糊不清、教学方法不能与时俱进。高职创新创业课程作为公选课程，在教学内容上缺乏多样性和针对性，单纯的讲授相关理论与方法，没能与学生所学专业有效结合，无法将教学内容有效应用于实践，学生在学习过程中缺乏参与感，不利于调动学习的积极性和主动性。另外，对于大多数高职院校而言，双创教育仅仅是理论教育，重视培养学生在“互联网+”、“挑战杯”之类创新创业比赛方面的应试能力，没有搭建创新创业实践平台或基地，忽视对学生动手能力和实践能力的培养，与真正的双创教育目的背道而驰，无法孵化出真正的优质项目，不利于学生创新意识的培养和创业能力的提高。