（一）预算编制简单化，经费使用自主化
鉴于科研工作具有灵感瞬间性、方式随意性、路径不确定性等特点，为尊重科研规律，《若干意见》围绕“四个扩大”，赋予科研人员更大的经费使用自主权。一是扩大预算编制自主权。预算科目从9个以上精简为设备费、业务费、劳务费3个。也就是说，科研人员在编制预算时，程序变得简单化，不必“事无巨细”，一笔一笔列出来。二是扩大预算调剂自主权。将设备费预算调剂权全部下放给项目承担单位，其他费用调剂权全部下放给项目负责人。这意味着“买酱油的钱可以用来打醋”，根据实际情况灵活使用。三是扩大了经费包干制范围，不仅在人才类和基础研究类科研项目中推行经费包干制，还将经费包干制从项目层面扩大到科研机构层面，鼓励在人才类和基础研究类科研项目中推行经费包干制。四是扩大结余资金留用自主权。考虑到科研活动的连续性，以及避免突击花钱等问题，《若干意见》取消了此前结余资金的2年使用期限，明确项目结余资金全部留归项目承担单位统筹安排用于科研活动的直接支出。
（二）用于“人”的支出比例大幅提高，科研激励更加人性化
科研经费管理改革最重要的是激发科研人员的创新动力，新政策最大的亮点是提高了科研经费用于“人”的支出比例。在经费来源方面，《若干意见》在原有政策的基础上进一步提高间接费用比例，科研项目经费中用于人的费用可达50%甚至60%，且可以全部用于绩效支出。在经费使用范围方面，《若干意见》扩大了劳务费开支范围，将项目聘用人员的住房公积金纳入劳务费科目列支。同时，合理核定绩效工资总量，动态调整绩效工资水平；规定科技成果转化现金奖励不受所在单位绩效工资总量限制，不作为核定下一年度绩效工资基数。由此可见，新政策对科研人员的激励力度之大是前所未有的。
（三）强调法人主体责任，监督管理与创新服务并重化
新政策在给予科研经费管理很大程度“松绑”的同时，也为项目承担单位的管理和服务水平带来了极大的考验。《若干意见》强调，项目承担单位要落实好科研经费管理使用的主体责任，强化自我约束和自我规范。在监督管理方面，要及时完善内部管理制度、切实加强绩效管理和动态监管经费使用并实时预警提醒、探索制定相关负面清单等。在创新服务方面，全面配备科研财务助理，改进财务报销管理方式，推进科研经费无纸化报销试点，优化科研仪器设备采购，改进管理科研人员因公出国（境）管理方式等。由此可见，在新政策环境下，科研项目承担单位要切实承担好规范管理与服务科研的双重责任。
（四）强化科研项目绩效评价，注重结果导向化
一直以来，科研经费管理往往是注重过程控制，经费使用严格依靠预算管理，预算调整需要经过复杂的审批流程，同一个科研项目在实施的过程中要接受不同层次的财务审计和财务检查，有年度报告、中期检查，结题审计等，有的甚至在结题多年后还要接受检查[10]。这样既浪费了科研人员的时间精力，也抑制了他们的积极性。《若干意见》一改过去单纯以资金使用环节监督检查为主的管理思路和模式，明确提出，要简化项目验收结题财务管理，在项目实施期末实行一次性综合绩效评价。要进一步强化绩效导向，建立以结果为导向的绩效评价体系，让项目管理从以前的重数量、重过程向重质量、重结果转变。