（一） 城乡生产要素流动不合理
十九届五中全会公报指出我国发展不平衡不充分问题仍然突出，农业发展还有很多制约条件。当然这也是由于历史原因和马太效应造成的。在改革开放刚开始的时候，我国可以用来促进发展的资源资金有限，因此仍然沿用之前的“农村支持城市，农业养育工业”的方针政策，只是在具体形式上较以往有所改变。具体来说就是在产业发展上以集中农村经济的资源保障工业基础的建设，但是向工业和城市提供剩余产品的方式来提高工业化水平的比重不断减少，而由农村提供劳动力与乡村资源（土地和资金等）来提高工业化水平的比重不断增加。结果是城市化的发展空前繁荣，而农村在原有的发展动力不足的情况下，又遇到了劳动力与资本的大量流失，农村的空心化问题日益严重。一直到2004年我国才做出城市支持农村发展的战略规划。但在市场化改革的大背景下，城市与农村已经形成了偏向城市的非对称性共生关系，而根据马太效应，城乡差距一旦形成，这种差距不但不会消失反而会进一步拉大。纵使政府通过转移支付、农业补贴、取消农业税等方式试图缩小城乡差距，但城乡工业与农村农业巨大的实力差距并没有得到弥补，反而成为一种常态。这种常态表现在①技术要素难以双向流通：我国大部分科研院所与技术人才都聚集在城市，而将技术转化为生产力最好的选择也是在城市进行。将技术从城市流向农村十分困难。②资金要素难以双向流通：就政府资金来说，长期的城市发展优先战略使得城市获得的财政支持要远高于农村。即使近年来政府出台了相关政策，但农村的社会经济发展水平还是明显落后于城市的。在市场资金方面，一方面由于城市的市场化水平更高、基础设施与服务体系更加完善，资本更倾向于在城市中寻找投资项目，城市获得的资金进一步提高，发展更完善，对资金的需求又进一步提高。社会主义市场经济要求我们以按劳分配为主体，但是生产要素在经营过程中的分配比重不能忽视。城市的要素市场化水平是明显高于农村的，市场运行环境也好于农村，要使城市的生产要素自愿向农村流动，本身就是一种巨大的挑战。

（二） 城乡产业融合的动力不足
推动城乡融合的动力因素有许多，包括城市化推动、生产率推动以及政府推动。
城市化推动是指城市在发展过程中不断地聚集周围地区的劳动力、资本与产业，达到城市带动农村发展，从而促进城乡收入分配公平。一方面城市化的进程为农村剩余劳动力提供了就业可能，增加了农民的可支配收入；另一方面农村劳动力的减少可以有效缓解农村土地紧张与过于分散经营的问题，再通过城市相关的人才技术交流，可以有效提高农村农业的规模化经营水平与现代化水平。但当前农村的产业主要是养殖种植业，2020年我国的农产品加工率仅为65%，农业总产值与农产品加工业产值比为2.3:1，离2025年80%的加工率与2.8:1的总产值比还有一段距离。大部分地区农村的农业水平还处于较低的层次，与城市的产业联系不广泛，融合度低。通过城市化推动的问题在于城市虽然吸收了农村大量资源，却无法有效地将技术应用农村的产业。
全要素生产率的提高对缩小城乡差距，促进城乡融合具有关键作用。就我国城市来说，因为拥有数量众多的劳动力和科研院所，使得横纵向上的分工效率都比较高，可以为城市不断增长的市场提供充足的产品与服务，以此来推进城市的持续发展。而当前农村主要还是以第一产业为主，绝大多数农村全要素的生产率和投资利润低于城市是不争的事实，这让城市的空余资本也很难流入农村，这对于全面发挥城乡要素生产率是一个很大的难题，对于城乡融合发展也是一种挑战。