我国大学实施二级管理，其目的在于激发二级学院在大学事业改革发展中的积极性和主动性。但是，令人奇怪的是，二级学院虽有规范的领导集体、完备的决策机制，明确的责任分工，但是在大学治理中却表现的非常“低能”，没有多少话语权，可以说是虽有组织形式之“实”，却在履行组织职能的诸多方面存在虚化现象。
（一）权力配置虚化。目前，我国大学的校院关系依然处于传统的“三心”状态，即学校是决策中心，学院是管理中心，系所是质量中心，校院之间属于管理与被管理、决策与执行的地位。定位于管理中心的大学二级学院，更多的职能是贯彻执行学校的办学理念和办学政策，为教学和科研工作提供管理、组织和服务，在很多事关学院改革发展的核心事务方面缺乏自主决策权，集中体现为对人、财、物和学科等重要资源缺乏自主支配权，在人才引进、薪酬分配、教师职称评聘等方面都没有决策权。大部分大学二级学院党政联席会议的决策权仅仅局限于聘用临时员工、设立学院内设机构等无关痛痒的层面。核心决策权的缺失导致很多学院负责人虽有干事创业的想法，但是在教育管理实践中却没有施展才华的制度空间和权力。
（二）责任落实虚化。二级学院作为大学的办学主体，要独立承担相应的教学科研绩效责任。责任的落实力度很大程度上决定着学院工作的积极性和危机感。目前，绩效评估、效益评估、目标达成度评估等多种多样的评估在考核二级学院工作业绩方面应用非常广泛，这也侧面说明，在尚未找到更好的衡量办法之前，以客观数据和主观评议相结合的评估不失为一种较好的考核方式。但是问题的关键在于，我们对评估寄予厚望，但是评估却远远达不到预期效果。很多的评估体系在理论构建、结构设计上科学合理，无懈可击，但是在实际的执行过程中却由于各种人为因素而失真或跑偏，甚至沦为平衡利益、迎合检查、维持稳定的工具，导致板子总是高高举起，轻轻落下，评价的结果往往是雨露均沾，依然是“干多干少一个样，干好干坏一个样”。同时，由于很多评估的结果与后期的激励和资源配置没有关联，也起不到评估的激励和督促作用，学院在事业改革发展中的主体责任没有明确和落实。
（三）利益分配虚化。学校的发展，归根到底要靠教师通过开展教育教学、科学研究等实实在在的活动来实现。学校一般会根据五年发展规划和年度发展计划，把总体发展的目标分解到各个学院，由学院组织教师和学生完成。依据投入产出相一致的原则，学院在完成或超额完成相应的工作任务后，应当获得与付出相一致的利益和回报。但是，由于人、财、物等资源和重大事项的决策权全部集中在学校顶层，很多学校依然采取“统一领导、集中管理”的财务管理制度，所有的收益基本上均由学校统一调配和预算，二级学院在收益分配中话语权很小，这样就必然会导致学院之间利益分配的“大锅饭”，很多学院的创收经费用于“充公”贴补学校，学校的弱势学科和专业存在搭便车行为，以较少的付出获取了较大的收益。利益分配不均导致学院发展的积极性无从激发。