大学二级学院职能的虚化，根源在于科层治理过分强调专业分工以及由此带来的大学治理目标的冲突、部门功能的裂解、资源配置的碎片化以及工作效率低下等问题。20世纪末，以英国学者佩里·希克斯为代表的多位学者提出和发展了整体性治理理论。整体性治理就是以公民需求为治理导向，以信息技术为治理手段，以协调、整合、责任为治理机制，对治理层级、功能、公私部门关系及信息系统等碎片化问题进行有机协调与整合，不断从分散走向集中、从部分走向整体、从破碎走向整合，为公民提供无缝隙且非分离的整体型服务的政府治理图式[][5]。此理论以公众为中心，改进了“管理主义”的价值倾向；以整体性为取向，克服了碎片化管理的困境；以综合组织为载体，修正了过度分权带来的弊端；以网络信息技术为平台，提供一套全新的治理方式与治理工具。其中，协调、整合是其核心理念，是塑造“整体政府”、破解“碎片化”治理困境的工具理性层面的应用，对破解大学二级学院治理的问题具有较强的借鉴意义。
基于此，本文认为，二级学院的治理，就是要以二级学院的整体利益为治理导向，通过赋予其自主权，加强学院与职能部门、学院内部各种权力主体之间的协调、整合，明确责任机制，使其成为一个完整的“责权对等”的独立实体，通过独立自主地使用学院内部的人、财、物和学科资源，承担相应地办学责任，协调学院内外部各种机制，进而尝试破解二级学院工作“碎片化”、工作无目标、无责任的散乱无为状态。因此，“整体性”二级学院应该具有以下特征：
（一）能够独立自主决定学院的重大事项。在传统的集权制管理模式下，由于垂直管理的局限性，学院的发展目标和改革方向被肢解，学院无法从整体上确立长远的发展方向和发展目标。在整体性治理视角下，学院的目标不是碎片化的各个零散目标的集合，而是基于学院规模、人才队伍、学科发展水平、教育教学、科学研究水平，结合国家需求、行业机遇以及学校整体的战略规划，提出的在较长一段时期内能够达到的目标、举措。二级学院应该是一个具有理性能力、自觉意识、可持续发展的组织，既能够在较大权限内自主决策，又能够正确选择行动目标，有效约束自己的行为，并承担相应的责任。
（二）具备人财物等资源的统筹整合能力。集权制管理模式下的学院就像一个资源的中转站，简单贯彻执行学校资源的配置政策，把资源按照学校或上级部门规定的路径分配给师生，学院在资源的配置中几乎起不到任何作用。在整体性治理视角下，二级学院作为学校政策和基层教学科研实践的交汇点，其功能不仅止于上传下达的信息传递和政策执行，而是要成为学校政策的加工合成器和转换器，学院的角色从资源的中转站变成资源配置和整合的司令部，能够创新性地根据学院的发展实际对人财物等资源进行有针对性的统筹和调配，最大可能满足和适应学院发展的需求。
（三）具备协调并满足相关利益群体诉求的能力。二级学院既是大学实施办学理念和办学政策在实践层面的代理人，同时也是基层的学者、教师、学生及家长、行政管理人员等多个利益相关者的代言人。既要与学校协调配合顺利完成教学科研目标，同时也要最大限度地满足不同利益相关者的利益诉求，实现帕累托最优，这就要求二级学院具有参与治理的主体性和能动性，在协调学院与学校、教师与学校、学生与学校、教师与学生、教师与行政人员等各个利益主体之间发挥重要作用。