（一）强基计划专项预算的保障与执行状况
从高校学生培养的预算资金来源看，国家建立以财政拨款为主，其他多种渠道筹措高等教育经费为辅的体制。2018年12月29日发布修正的中国《高等教育法》（中华人民共和国主席令第23号）指出，国家应当保证稳定的办学经费来源，不得抽回其投入的办学资金，并保证高等教育的经费逐步增长。因此，高校生均教育成本补偿的主要来源是国家财政，形成经常性预算开支。而早在2018年9月17日教育部等六部门《关于实施基础学科拔尖学生培养计划2.0的意见》（教高[2018]8号）保障措施中强调，拔尖学生培养计划经费以高校自己统筹利用教育教学改革各种专项经费预算为主，推动学生国际交流、科研训练和创新实践、学术交流和社会实践活动、国内外高水平教师合作交流等。说明“强基计划”从教育部到各高校，并没有一个从上到下的预算管理制度要求，对“强基计划”预算资金独立、充分与专门的保障，且在执行中呈现预算软约束状态。
2019年8月与2021年3月教育部的基础学科拔尖学生培养基地建设工作的通知提出，统筹各类资源支持拔尖人才培养，但还是没有明确基础学科拔尖学生培养基地建设的预算资金来源。2020年已经开始基础学科招生改革试点工作，2020年9月14日《21世纪经济报道》多所顶尖985大学未完成招生指标，其中中国科学技术大学、西安交通大学、北京理工大学、南京大学、兰州大学等名校发布通知，在高考录取的2020级本科新生中补招强基计划学生。2021年03月16日《光明日报》中国人民大学国学院党委副书记华建光反映各大高校的强基专业，报名时确门庭若市，可临考前弃考的人却也不少，招生结果似乎不太令人满意。
（二）“强基计划”下生均教育成本预算管理的痛点分析
《高等教育法》指出，高等教育根据在校学生年人均教育成本，规定高等学校年经费开支标准和筹措的基本原则；实行以举办者投入为主、受教育者合理分担培养成本、高等学校多种渠道筹措经费的机制。在“强基计划”的人才培养中，虽然从人均教育成本的预算来源与预算配置上受教育者无需分担培养成本，但是“强基计划”从社会各界抱以很高期待到实际招生遇冷，据此应该有更深层次投入与产出的价值原因。