政府把有限的高等教育资源合理、有效地配置到不同院校对引导和保证公共服务资本的 公平投资至关重要。（王琦等，2019）高校“强基计划”每年申报有进有出，基地间竞争在所难免。高校强基计划专项预算的内部治理，需要有一个组织加以服务保障；需要有一个预测制度加以科学保障；需要一个承诺机制加以诚信保障。
（一）高校设立强基计划专项预算执行的跨职能团队
1.设立跨职能团队并管理“强基计划”基地组织的必要性分析
对“强基计划”基地“人”“财”“物”的持续保障，要有一个跨职能团队来运行“强基计划”基地。随着“强基计划”每年申报，研究基础较好的高校“强基计划”基地会越来越多，或各高校间“强基计划”基地有进有出，“强基计划”基地间竞争在所难免。使国家认定的“强基计划”基地保持其应有的竞争地位，高水平跨职能团队对“强基计划”基地的管理必不可少。成立一个跨职能团队管理，必对高校现有管理模式有着重大冲击，在高校组织中学科院也越来越成为打破学科壁垒的障碍，取消高校二级学院行政级别呼声很高。无论高校现行采用学部制、研究所制、学科制三种类型中哪一个形式，归根到底就是要将学术权力交给最基层的学术组织，而这个基层学术组织就高水平高校的组织层面看，即高校内学术研究机构。这些学术研究机构所需要研究人员，可能主要来源于在“强基计划”基础学科完成学业、有学术研究经历的受教育者或研究人员，如，清华大学物理班的学生从大二起可以师从校内校外研究机构、自主选择导师参加科研训练。同时，由于高校内外学术研究机构与基地学科研究结合与联系的密不可分，因此，研究型高校终将形成球状同心结构组织管理模式。这一模式以“强基计划”基础学科人才培养底层组织为中心内核，以学术研究机构基层组织为中环，以行业应用研究机构为外环，形成强基础、多边界、双向渗透、雪球式的组织结构体系。
2.团队管理“强基计划”基地组织的核心工作内容设计
建议设立跨职能团队对“强基计划”课程设计，对学术研究方向的共同决策并执行预算，因为，对“强基计划”组织结构管理是学术研究机构中环与应用研究机构外环等多组织共同关心的问题，事关“强基计划”基地的竞争力，甚至在本学校就会表现出中环与外环组织在“强基计划”人才引流上还存在一定的竞争关系。“强基计划”基地组织管理团队一般为5至8人，包括基地组织的领袖：校长，工作重心为预算资金保障与研究人员引入保障；基地组织的行政与预算执行人：管理“强基计划”日常工作，组织精细分解预算、执行预算与考核预算，采用轮值或推选方式，工作重心是日常执行事务与预算执行把控；基地组织的多名举旗人：首席科学家队伍，工作重心是完成对进入基地的预算资金配置加以科学决策；基地的研究人员：研究梯队人员，工作重心是使用预算资金完成教学与研究工作等。这样设计“强基计划”基地管理组织的优势在于充分体现学术本位、学术自治、学术自律的原则，“强基计划”的预算资金的决策秩序是“强基计划”师生自由进出的保障和基础，做精，做深，做出世界先进水平，只有科学家团队是最知道国家之间的竞争核心与关键的群体。