1.学生对本课程的重视度不够，积极性不高
在实际教学过程中发现学生对《生态水文学》这门课的重视度不够高，很多同学认为这是一门普通的选修课，而且是一门新开设的课程，并不是本专业学生必须掌握的基本储备知识，没有意识到课程的重要性，有的学生缺课现象严重，更不要说积极主动的学习。因此，如何调整课程内容，强调课程的重要性，积极引导学生投入到课程的学习中来是一项不可忽视的问题。
2 课程内容涉及宽泛，教学难度大
本课程是生态学和水文学的交叉学科，不仅涉及到水文学的相关知识点，还兼顾了生态学的基本知识，并且需加强两个学科之间的关联性。实际上本课程涉及知识面较宽泛、课程内容复杂，学生要了解水文学、土壤学、气象学、生态学、湿地学、地质学等多门学科，需要强大的知识储备，这就导致学生在学习课程内容时存在一定的困难，同时也增加了教师授课的难度。然而，部分水文学的知识在其他课程中又有所提及，一方面使学生缺乏学习新知识的兴趣，另一方面教师在备课时如何创新，找到新的切入点也是一个挑战。此外，现有的生态水文学教材中包括了众多研究领域和研究主题，比如湿地生态水文学、森林生态水文学、城市生态水文学、河流生态水文学、地下水生态水文学、旱区陆地生态水文学、寒区生态水文学等等，然而，虽然教材中均涉及到以上领域，但每个领域所阐述的内容又比较泛泛，学生很难抓住重点。因此，如何合理安排教学内容，优化教学体系，深入浅出地引导学生掌握课程内容是教学设计的关键问题。
3 教学模式传统，缺乏吸引力
生态水文学一直致力于解决生态环境与水环境之间的问题，为不同尺度上的水资源综合管理提供指导，具有极强的实践色彩。以往教师主要通过课堂教学、课内外作业、闭卷考试的方法，使学生掌握生态水文学的基本概念、基本原理和方法，但这种以“教师为中心”的教学方法较为传统，学生往往靠死记硬背来应对考试，课堂气氛沉闷，这就难以激发学生对于课程学习的兴趣，而单一的教学模式，缺少与实际案例的结合，很难培养锻炼学生分析问题和解决问题的能力。因此，如何改进教学方法、丰富教学模式是本课程教学中涉及的一个重要问题之所在。