在运用自我教育法的过程，首先要把握住一些根本原则，在其指导下，才能科学的开展自我教育。
（一）把自我教育的自觉教育和他我教育紧密结合起来
强调和提倡自我教育，绝非意味可以降低教育者的责任和要求，而是要求教育者必须具备更高的教育责任感和教育艺术。我们说自我教育不是凭空产生，就受教育者而言，他们的自我教育需要教育者来唤起、推动、培养、发展。即使具有了转为主动的主体自我教育的精神和能力，它在总体上也需要由教育者的教育来推动和配合；就教育者本身而言，教育的最高境界是不教，因此，教育者的认识水平和综合素质在教育的过程和效果上具有特别重要的作用，这要求大学生道德教育者必须不断提高和优化自己的政治素质、人格素质、理论素质、心理素质等，必须坚持继续学习和始终进取，以满足受教育者实现自我教育的需要和要求。因为教育者和受教育者之间要有一定的信急差、知识差，教育者只有用丰富的知识去撞击受教育者的灵魂才能说服人，为受教育者所掌握；另一方面，教育者教育观念、教育方法是直接影响受教育者进行自我教育的诱导因素，教育者要将受教育者的自我教育过程纳入教育者的预期目标，必须在主流文化要求的思想意识、道德规范内引导加速受教育者自己内部的消化运动，充分发挥其自我教育作用。同时还要为自我教育提供条件，采取有效的措施防范其自我教育偏离。
（二）把自我教育的个体教育与集体教育紧密结合起来
受教育者作为社会的一个个体，是不可能脱离集体而孤立地存在的，个体的自我教育也自然不能脱离集体的影响而孤立地进行。集体本身就是一个教育的主体，可以起到教育者无法替代的教育作用，它不仅能向所属的每个成员提出严格的要求，而且可以促进成员间的相互帮助和相互督促，成为推动个体自我教育不可缺少的外来动力。同样，个体自我教育的完善，也必然会提高集体自身的水平。个体的行为除了受到个体因素影响外，同时也受到群体心理的影响。所谓集体，是为了实现有公益价值的社会目标而严密组织起来的有纪律、有心理凝聚力的群体，它是群体发展到高级形式的特殊形态。“课堂教学中不仅有师生之间的相互影响，而且学生之间也存在相互影响，即使学生主要是对教师有所反应时，他也意识到其他学生的存在，当他回答教师的要求与期望是，也会考虑到他所说的和所作的事对他同伴可能产生影响，以及同伴对他的期望。集体对个人的影响主要是依靠集体的舆论、规范、风气、从众现象等发生的。”在提倡个性化教育的今天，集体的力量还是不容忽视的。