（一）体制机制不够完善，资源整合不足
目前高校易班的运行的体制主要为，由高校党委成立易班建设领导小组，辖校易班发展中心，负责学校易班的运营与发展，一般挂靠在高校学生工作处（部）或党委宣传部下。该机制目前存在的主要问题为单部门负责建设工作，缺乏统一领导，导致其他校内单位如后勤处、教务处、团委、图书馆等部门对易班的作用、运营认知不足，在日常工作中的协作不够，各自为政，使得校内教育资源的整合举步维艰，难以形成共同建设的合力机制。而且由于单一的运营模式，也使得易班的推广与建设较为依赖行政命令，缺少“自下而上”的动力。各高校易班还普遍缺乏相应考评与激励机制，使得各院系的易班指导教师主动作为的积极性不高，对易班的推广与建设的意愿也不够强烈。可以说目前高校易班校本化建设的体制机制不够完善，横向与纵向的资源整合仍然存在不足。
（二）平台建设有待加强，用户粘连不足
根据福建某高校的调查显示，高校师生在易班的使用上普遍存在使用率不高的情况，一些学生一周使用易班的次数少于2次，部分学生在下载易班后又重新将其卸载，除此之外其他各地区的高校的调查如西北工业大学、石河子大学、兰州理工大学、上海海洋大学等也存在类似的情况，这显示各高校在推广易班的过程中确实出现了用户粘合度不足的问题。造成这一问题的原在于：第一，忽视了易班作为开放的网络社区的属性，采取单一的行政手段推广，无法充分吸引学生的兴趣，甚至容易引起部分学生的反感，不利于易班的推广；第二在于平台建设存在缺陷，无法真正吸引学生长久使用。易班平台更新不快，部分学校易班不能满足学生生活、学习需求，且易班的部分功能和微信、QQ、微博等平台功能相重合，对于已经养成了使用习惯的学生用户来说，再次建立新的用户习惯难度较大。同时各高校缺少相应的建设资源、技术、团队也是导致易班平台无法吸引大学生长久使用的重要原因。易班的使用率不高，用户粘合度不足已经严重阻碍了易班校本化的建设进程。
（三）主体认知不够到位，建设定位不清
部分高校对易班中网络思想政治工作的功能与其建设定位认知不够清晰。部分师生混淆了易班平台与社会媒体平台之间的关系，将其等同于一些社会媒体平台，以运营社会媒体平台的方式来运营易班，甚至出现部分建设者将易班工作直接等同于“智慧校园”建设的现象，从而偏离了易班网络思想政治工作的初心所在，导致易班校本化出现了浮于表面，缺乏深度，思想政治教育功能不够突出等问题。