在医学院校学生培养过程中实施双班主任制度具有非常重要的意义，主要表现在以下两个方面：
1、新时期构建“三全育人”工作格局的需要
“三全育人”即全员育人、全程育人、全方位育人，是中共中央、国务院《关于加强和改进新形势下高校思想政治工作的意见》（以下简称《意见》）提出的要求 [7]。《教育部关于印发<高等学校课程思政建设指导纲要>的通知》强调指出，要紧紧抓住教师队伍“主力军”、课程建设“主战场”、课堂教学“主渠道”，让所有高校、所有教师、所有课程都承担好育人责任，守好一段渠、种好责任田，使各类课程与思政课程同向同行，将显性教育和隐性教育相统一，形成协同效应，构建全员全程全方位育人大格局。
各高校辅导员负责事务繁杂，对接学生数量多，很难将学生工作做细做实,也正因为如此，班级事务、党团工作、思政教育活动开展都受到很大程度的限制和制约，辅导员与学生的沟通较少，不能及时追踪到每一个同学的思想和精神状态。双班主任制度的开展，有助于缓解辅导员的工作压力，帮助辅导员老师发挥自身优势，更好地专注学生思想引导。
另外，高校专任教师是高校教师队伍的“主力军”，根据发挥作用的侧重点不同，在每个班级设置两名班主任，更有利于吸引更多专任教师担任班主任，进一步充实和优化大学生思政工作队伍，并以此作为载体，通过灵活多样的活动形式和丰富多彩的内容，促进高校“第一课堂”和“第二课堂”的有机融合，将思政教育科学融入所授课程中，减轻学生的心理排斥，增加亲和度，最大程度地激起学生的学习兴趣，贴近生活，拉近与学生的距离，不断增强对青年大学生的吸引力和亲和力，从而把高校教师第一课堂和第二课堂打造成为“三全育人”的重要阵地。
2、新时期培养医学创新人才的需要
2020年9月11日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平在京主持召开科学家座谈会并发表重要讲话，希望广大科学家和科技工作者肩负起历史责任，坚持面向世界科技前沿、面向经济主战场、面向国家重大需求、面向人民生命健康，不断向科学技术广度和深度进军。如何加快新医科建设发展，培养更多高素质卓越医学创新人才，为健康中国建设做出新的更大贡献，是摆在广大医学教育工作者面前的重要任务。
2020年9月，国务院办公厅发布的《国务院办公厅关于加快医学教育创新发展的指导意见》（国办发〔2020〕34号）明确指出，要以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻党的十九大和十九届二中、三中、四中全会精神，按照党中央、国务院决策部署，落实立德树人根本任务，把医学教育摆在关系教育和卫生健康事业优先发展的重要地位，夯实高校附属医院医学人才培养主阵地。