1.专项资金管理意识不强，使用效益不高
相较于公办院校，民办高校对专项资金的管理相对较弱，对项目的立项以及资金的使用等方面受学校高层管理者的意愿影响大。很多高校为了获得更多的专项资金，对项目的申报十分重视，但却轻视了项目的管理和控制。申报项目时，对于项目立项的合理性、可行性、必要性等方面缺乏整体的评估，重视申报的数量而忽略质量，使用过程中也没有严格按照期初申报项目内容完成，不能很好的按照学校发展规划和实际发展的需求，盲目争取专项资金。一些民办高校还存在项目申报重复现象，比如专项仪器设备的购买存在重置、闲置等情况。这就使得专项资金的使用效率低下，资源配置不合理，造成专项资金的严重流失，影响民办高校的可持续发展。
2.组织架构不完善，执行过程把控不严
民办高校的专项资金大多采取总额控制，分块管理。资金费用在各个项目之间分配方式较为简单，一些专项资金的支出范围没有明确的规定，缺乏科学的指导，导致资金分配不合理，有些项目存在资金冗余，有些则资金匮乏。不仅如此，部分民办高校没有建立健全专项资金预算责任制，由于预算编制不明晰，监督机制不健全，使得执行过程把控不严，经常出现不按照预算进行列支、随意调整资金用途、任意扩大项目资金投入等现象，不仅影响了预算执行的效果，而且严重偏离了专项资金的使用本质。
高校财务人员和审计人员在专项经费的管理核算过程中发挥的作用有限。财务人员大多充当简单的记账员角色，对学校整体专项资金管理工作掌握不深入，财务分析能力有待提高；对审计人员多数停留在事后检查层面，核查项目预算是否超支、报销流程是否合理等，很难发挥监督职能效用的最大化。
3.绩效评价指标选取不合理，评价体系不健全
虽然目前部分民办高校已经建立了针对专项资金的绩效考核评价体系，但是普遍存在评价指标单一或评价体系设置不合理现象。针对专项资金使用情况的评价往往依赖于简单的财务指标，一般选取通用的指标确定，没有结合学校发展的实际状况。由于不同民办高校办学层次、师资力量、教学水平以及学生素养等方面存在差异，如果忽视这些差异，通过这些指标的计算进行绩效考核评价的结果相对片面，过于追求量化的指标，力求达到完美，但是忽视了项目的质量，不能准确全面的反映资金使用的效果。其次，专项资金的绩效评价体系不健全，指导性有待加强，由于评价体系不健全，仅仅关注资金的使用额度是否超标，预算的执行是否合理等情况，没有考察专项资金使用效率，对专项资金的投入产出等指标没有做到深入分析、总结和应用，从而使资金绩效评价指标体系不能大大预期的效果。