高校建设工程项目全过程跟踪审计关乎高校健康可持续发展，关乎国家教育事业大计，对于促进高校建设项目规范管理、提升绩效和预防腐败具有积极意义。
1.促进高校建设项目规范管理
高校建设工程项目投资大、周期长、涉及专业领域多，传统结算审计思维与运行方法难以满足其建设需求。全过程跟踪审计是一种动态性的跟踪审计，不仅关注事后，更关注事前及其过程，能够细致深入到建设项目从决策、设计、招标、施工到结算等一系列工作环节和重要阶段中去，实现对全过程工程运行工作的有的放矢，及时纠正工程漏洞，有效协调各部门工作，高效反馈审计意见和建议，提高建设管理部门工作效率，规范建设项目管理，推动项目工程的有序运行。
2.提升建设工程项目的工作绩效
全过程跟踪审计并不是事后结算审计，其注重对项目的前期决策、设计、招投标的跟踪审计以及施工阶段的造价控制，因而能够有效提升项目论证、投资决策上的客观性和科学性，也更能保障项目设计方案的合理性。这种全过程跟踪审计模式能够有效防止因为写入不合理条款而导致的建设资金损失。此外，全过程审计意味着审计人员参与到工程建设全过程，审计部门更了解项目施工状态，能够及时应对工程变更、材料设备使用、工程验收等相关事项的审计工作，更进一步确认施工合法性、合理性、真实性，提前解决矛盾和问题，有效避免事后各部门工作推诿、相互扯皮，提升整体工作效率。
3.预防腐败行为滋生
高校建设工程项目涉及多方主体、多方利益，是高校内部腐败的常发地带，而腐败滋生的一个重要原因就在于监督管理的缺位，决策、管理和监督之间缺乏有效制衡。对此，实施建设工程项目全过程跟踪审计，使高校内部审计部门介入建设全过程，密切关注并跟踪记录审核建设过程中的物资采购、项目设计、招投标、施工监理等各项目行为，有利于为项目全过程设立一道严密的防护墙，有效隔绝腐败手段参与，制约不当的权力运行，有效规范各参与方行为，督促各部门、各主体认真履行其职能，预防腐败，使高校内部审计工作真正实现从源头上控制腐败，促进建设工程项目高效运行。