1.顶层设计缺乏系统性，致使融合发展存在低水平、同质化
目前，大多中小型出版社在融合发展方面存着顶层设计不够系统、科学，虽然不少出版社也早早设立了专注于探索融合发展的独立部门，然而由于大多出版社存着“部门壁垒”、资源分散等情况，实际各部门在融合发展方面还是各自为营。在这一背景下，一方面受制于组织架构的性质，相关以融合发展为主营业务的独立部门无法调动其他部门的资源，致使优势资源无法实现有效整合，这样的部门往往只能另辟蹊径，艰难开拓新的业务市场；另一方面，各部门虽确有融合发展的需求，然而凭部门一己之力，能够实现已有资源的数字化部分转化已然不易，诓论探索多渠道数字转化。同时，地方中小型出版社的组织架构仍以自上而下的金字塔式的管理体系为主，或多或少存在层层汇报、决策缓慢，这与融合发展所需的快速反应机制也是背道而驰。故而，在顶层设计系统性、科学性欠缺的基础上，加之职能体系的窠臼，地方中小型出版社的融合发展始终存在资源集约化程度低、优势资源转化率低、同质化显著等情况。
2.内在动力不足，造成多元融合难以推进
融合发展绝不是简单的传统产业主体与新兴产业主体的融合，而是有多层级、各方面的角色参与。①从数字化转型升级到深度融合发展，对出版产业而言，融合发展的目标已不再是内容产品的数字化转化，也不是媒体之间的深层交互融合发展，而意味着媒体与各行各业实现相互渗透、相互转化，这对出版企业的资金实力、内容资源、多元业务的拓展及运营能力都提出了不小的要求。
与大型出版集团相比，地方中小型出版社显然在上述方面存在较大差距。一方面，地方中小型出版社的资本实力难以支撑融合发展的长期运营。融合发展涉及技术、人员、产业项目等诸多成本，除此之外，新兴业态在营收方面的不稳定性也为出版社探索融合发展增加了资本方面的负担，试错成本较高也成为影响出版社融合发展的一大因素。另一方面，地方中小型出版社普遍存着产品品种相对较少、产品内在吸引力不足、出版物内容质量参差不齐等情况，诸如此类核心资源的相关问题将直接影响融合发展的可行性。故而，对于地方中小型出版社而言，出版社内生动力不足是其融合发展的重要阻碍之一。