在新时代条件下，高校应急管理面临着诸多挑战，不仅有逐渐复杂的师生状况，也有在新媒体时代下引导难度加大的舆情，还有应急管理相关人员能力素质跟不上的问题，加之高校往往是社会关注的焦点等原因，使得高校应急管理面临着不小的挑战。
1.师生状况越来越复杂。自高校扩招以来，招生规模逐年扩大，以当前的本专科学生为例，这部分学生基本是2000年以后出生的。无论是从物质层面还是精神状态来说，他们基本没有经历过较多的风浪考验，对物质生活的不易和艰辛基本没有体会，甚至不知物质生活条件从何而来；对国家、民族和执政党的认识同样比较淡薄，思想上极容易受到其他意识形态的影响，辨别是非能力不足。而且有一个新变化值得注意，现在的大学生社会化程度越来越深，在网络世界比社会上任何一个群体更加活跃，一些参与违法犯罪活动甚至走入极端，成为危害社会和国家安全的重要不稳定因素。除了学生外，高校教师情况也同样存在着逐渐复杂化的倾向。
2.新媒体迅速发展使得舆情引导难度逐渐加大。近些年，随着互联网发展越来越往新的阶段推进，新媒体的发展速度出人意料，为经济社会发展和人们生活带来了巨大便利，但同时也带来了许多新挑战。新媒体的发展给高校同样带来了许多挑战，以应急管理来说，最突出的一点就是高校在面对一些应急事件时，舆情引导往往成为处理的难点，稍有不慎就使得整个事件风向急转直下。据《中国互联网发展报告2020》统计数据显示，截止2019年底，中国移动互联网用户规模达13.19亿，占全球网民总规模的32.17%。这充分说明，在新时代条件下，我国互联网保持着迅速发展的势头，也意味着一件事情会成为所有人关注的焦点，这给事件处理带了极大挑战。
3.高校应急管理事件往往成为社会关注的焦点。在一般人看来，高校是社会单元中比较神圣和纯洁的地方，一旦发生应急事件会迅速引起全社会的关注，极容易成为社会关注的焦点。纵观高校的应急管理事件，事件主体无非是学生或者教师或者师生，起因不是道德层面就是因基本生活问题而来。以学生为例，近年来学生的心理素质发展变化呈现出脆弱化趋势，在遇到一些生活中的琐碎事情时，就能成为产生心理障碍的原因，从而出现行为上的不理智现象，像跳楼、服毒、割腕自杀等等。发生应急事件，校外人员囿于惯性思维，往往将学校作为指责对象，导致学校不仅面临需要处理的事件本身，而且还要承受来自社会的压力。