1.学校的设备和资金投入不足
学生进行科技创新活动，充足的资金和设备支持是活动得以顺利进行和开展的保障。由于资金、设备不足每年都会有一些可行的创新性的思路和方案无法实现，还有一部分前景被看好的项目，但是由于前期投入大，后续资金不足而不得不放弃，从而造成了项目的终止。此外，由于受现实条件的影响，学校没有专门的管理科技创新活动的机构，不能充分利用有限的实验资源，造成创新活动开展缓慢。
2指导教师对大学生的科技创新重视不足
指导教师在大学生的科技创新活动中起着至关重要的作用。教师能保障活动的顺利开展，充分发挥学生创新性思维，提高大学生的创新积极性，更重要的是指导教师还能给予大学生心理上的疏导，使学生树立正确的理念和认识。
随着高校的扩招，各个高校师资力量呈现出普遍不足的状况，再加上学校缺乏可行的激励机制，许多教师只是考虑自己职称评定和业绩，并没有全身心的投入到大学生科技创新活动的指导工作中去。有些指导教师由于自身的能力有限，在对大学生的科技创新进行指导的过程中无法将自己所学习的理论知识和实践创新中的实际问题联系起来，使得科技创新无法继续深入研究与发展。
3大学生自身的问题
（1）学生意志力不坚定，信心不足
大学生参加科技创新是一个需要长期坚持的过程，需要付出很多的时间和汗水的。拥有良好的毅力品质、心态和自信心是解决问题的关键。在进行科技创新的过程注定要经历很多的是失败和挫折。很多大学生在一开始参加科技创新的过程中都满怀信心，充满热情，但是当遇到困难和挫折时，一部分学生就会半途而废，中途退出，缺乏长久的意志和信心，不利于整个创新团队能力的发挥。
（2）大学生存在某些功利主义思想
许多大学生受不良社会风气的影响，心态浮躁，观念性不清。他们错误性的认为参加大学生科技创新活动的唯一结果就是发表论文、获得奖励、或取得保研资格，这些错误的观念直接导致了大部分的学生不愿意扎实工作，不能进行长期的系统性研究，仅仅浮于表面，缺乏持续性。