在采购内部控制建设和运行过程中，内部审计受限于机构设置及人员配备、职能定位不准、内部控制监督评价标准有待完善的情况，这需要高职院校精准定位内部审计职能，合理设置内部审计机构，完善内部控制监督评价标准，以此保障内部审计在内控体系建设和运行过程中审计职能的发挥，降低高职院校违规违纪风险，保障高职院校实现高质量发展教学目标。
（一）采购内控重视程度不足。在内控监督体系建设上，高职院校处在一个政策机遇期，各院校都将更多关注点放在了规模扩张、学科建设以及教育科研上，采购内部控制监督管理体系的构建与完善放在了相对次要的位置。在内控组织架构设置上，依然存在部分高校未独立设置采购部门，或将采购部门与财务、资产管理部门进行合并设置的现象，在机构设置上未完全实现采购管理和采购执行相分离，未建立起各部门、各环节间行之有效、运转有序的工作机制。
（二）采购内控制度建设不完善。一是未根据高职院校审计情况制定各类实施细则，未对采购的组织管理、职责范围、实施程序等进行规范管理，出现制度与执行“两张皮”现象。二是未树立“标准引领”的工作思路，未全面推进“办事流程标准化、采购文件标准化、评审方法标准化”建设，未建立其采购标准化工作流程，导致高校在采购中时常出现合同签订不规范，未按采购文件、投标文件进行合同签订等现象。三是未建立支出绩效评价体系，导致资金支出所产生的经济效益难以评价，采购资产重复、闲置、使用效率低等不合理现象依然存在。
（三）采购履职能力欠缺。一是各部门未配置专职采购管理人员。各部位采购管理人员通常为兼职，人员变动较快、专业储备不足、政策理解不透，难以高质量开展部门采购工作，尤其在采购参数、事前调研、合同签订环节存在履职不力。二是采购监督部门缺乏全方位监督能力。采购监督管理人员缺乏法律、审计、财会、基建相关专业背景，履职能力距离新时期高职院校采购管理要求仍有差距，无法对采购需求部门进行有效指导与帮助。三是采购管理能力提升培训不足。采购管理相关政策法规更新快、内容多，采购管理、执行、监督等人员未能及时参与培训并掌握最新政策法规。