从机制设计上来看,专业导师制还有较大的完善空间。机制设计如果不合理，具体执行过程中就会出现各种问题，导师制的效果就会大打折扣。
（一）建立“1+1+1专业导师制”，将导学、导能、导业有机结合
“1+1+1专业导师制”是指在大学入学时，专业导师重点对新生进行导学，在学生进入高年级时，重点以就业为导向对学生进行就业指导，同时，在学生四年学习期间，对学生的指导都要以提升学生的能力为核心，将导学、导能、导业功能有机结合，贯穿于学生学业发展的全过程。
大学生入学之初，对大学生活比较陌生，特别是对大学课程的学习方法一无所知，因此，专业导师应该对新生进行入学后的导学指导，帮助学生更快提高成绩。就业是大学生大学四年学习的终点，也是大学生走向社会的一个起点，因此就业对大学生和大学乃至全社会来说，都是极其重要的。专业导师在进行指导的过程中，要注意与学生的就业相结合。当然，导业指导除就业方面还包括学业和职业方面的指导。无论是课程学习还是专业实践，终极目标都是提高学生各方面的能力，让学生具有可持续发展的能力，而不是仅仅找到一个好工作就万事大吉。因此，专业导师在指导学生时，要以提高学生学习能力、认知能力、分析能力、实践能力和抗挫折能力为己任，对学生进行导能指导。
（二）建立相应的激励和约束机制，激励专业导师自觉提高指导学生能力
任何制度设计都必须考虑到配套的激励约束机制的建立。在设计专业导师制度时，不能仅考虑到责任而忽略相应的利益，不能只谈无私奉献而避谈报酬，否则制度的实施是无法持续的。首先应明确专业导师的责任。专业导师的责任不能过于宽泛过于笼统，让人无从下手，同时要与辅导员的责任分开。根据以往的经验和调研结果，本文认为专业导师的职责应该主要包括以下几个方面：（1）大学与高中的区别及大学课程的学习方法；（2）学院内各专业的区别及专业选择注意的事项；（3）大学生创新实践项目和竞赛指导；（4）所教授课程中的疑难问题解答；（5）考研过程中的专业选择和复习方法；（6）小论文和毕业论文的指导等。其次应该注意责任与权力的对等。专业导师的工作是在专业教师正常的教学、科研及社会服务之外所做的额外的工作，要承担上述的职责，很多情况下要花费大量的精力，因此，理所当然应该给予一定的报酬。专业导师制度是一个长期化、制度化的制度安排，如果过分强调教师的奉献精神而缺乏必要的物质报酬和精神奖励，势必影响教师的积极性，影响专业导师制度的正常实施。
（三）组建专业导师合作小组，发挥分工和专业化的优势
在专业导师制度执行的过程中，每个专业导师在指导学生时往往是单打独斗，根据自身所掌握的信息和知识对学生进行指导。有时遇到自己专业外的问题，指导起来不免有些吃力，另外在安排一些活动时也会因人手不足感到力不从心。鉴于此，在执行专业导师制度时，可考虑建立专业导师合作小组，2-3位老师一组，利用自己在专业领域的不同专长，对学生进行不同的指导，真正实现分工和专业化的优势。另外，也可以选择一些不同的社会实践选题，让不同导师的学生根据自己的兴趣爱好进行选择，扩大了学生选择的范围，同时加强了不同组别的沟通和交流，有利于学生创造力的发挥和团队合作精神的塑造。