新媒体时代为高校开展“微思政”提供了机遇，但同时为其话语权构建带来挑战。
（一）理论话语面临挑战
互联网为人们日常交流信息、解决问题提供了广阔平台，对于社会热点问题，我们常见经济学、管理学、社会学专家在社会公共空间表达意见，提出见解及解决方案，而思想政治教育的学科有关专家在社会公共空间的话语表达却鲜见，马学科话语在解决理论和现实问题中“失声”“失踪”，思想政治教育话语的传播力和影响力在微博、微信等富有生活化气息的平台有限，由此可见，“微思政”的理论话语正面临巨大挑战。
在新媒体时代，点击率与关注度成为“微思政”平台的必争之地，这种经济效益的维系是思政理论话语受到冲击的重要原因。一方面，马学科术语较其他学科话语更具学理性、严肃性、官方性；另一方面，为吸引观者眼球，获得关注度，博得浏览量，网络信息传播一般偏向于选择具有视觉刺激和情感冲击力的表现方式。在这种矛盾下，这就使得本该具有教育导向的思政教育信息良莠不齐，底蕴深厚的理论话语被肤浅化。
（二）传播话语走向式微
“微思政”是隐形教育，传播内容呈现碎片化、分散化的特点，不能形成完整系统的教学体系。大数据网络和新媒体中的非教育信息以内容的丰富度与及时传播的互动性为特征，其新奇有趣的图片及视频更易吸引青年大学生的眼球，这些碎片化信息分散了大学生对思想政治教育内容的关注度。与大学生偏好的感性且生活化的非教育信息相比，思想政治教育学科受理论官方、话语严肃、缺乏感染力等特点的制约，使得大学生对教育内容兴趣不浓厚，不会主动获取教育信息。
与传统的由专业化教师授课的思政课堂相区别，“微思政”教育模式下每个人都是自媒体，可以在网络上自由行使话语权，呈现出传播主体多元化、传播内容随意化、网络“泛娱乐化”的趋势，在缺少“把关人”的情况下，网络信息泥沙俱下，其真实性、可信度难以保障，教育内容的权威性遭遇挑战，高校“微思政”的育人效果大打折扣。
（三）实践话语效果薄弱
思想政治教育的目标在于立德树人。新媒体时代由于话语主体的多样性、话语内容的复杂性、话语受众需求的多样性、话语传播过程的不可控性，容易造成“微思政”教学信息生产与传播的割裂，导致教育信息失真，阻碍思政育人目标的实现。
通过“微思政”模式提高受教育者的政治素养和思想觉悟是一个“润物细无声”的过程，高校实施“微思政”过程中，如果不能及时解决学生的政治迷茫、心中所惑，极容易在大学生心中埋下一颗怀疑的种子，对马克思主义理论产生怀疑甚至否定的倾向，大学生价值观的塑造与品德修养的提升难以在日常的生活实践中体现。