1教师教学观念固化
一方面，“学而优则仕”是中国自古以来的理念，加上中国的选拔制度通常是通过层层书面考试进行的，导致教师的教学观念普遍是让学生“学会”而不是“会学”。教师很难从“传道授业解惑者”的主导者转向引导者。另一方面，教师的教学职能看似被弱化，但如何在课堂中很好的融入“政治认同、家国情怀、文化素养、宪法法治意识、道德修养”等思政内容，其实是对对教师的课堂把控能力、课堂教学设计、专业与思政的站位高度提出了更高的能力要求。
2学生学习能力薄弱
传统的教学模式是“教师讲授，学生被动接受”为主，而“翻转课堂+BOPPPS”的实施需要利用线上线下资源自主学习，对知识进行初步的探索和学习资料的整合，并完成小组讨论、案例分析等富有“自主探索、创新思维”的工作。并且，许多课程资源、复习资料、作业、检测放在线上进行，需要学生有高度自制力和自觉性，对学生的综合学习能力提出进一步的要求。
3课程设计工作量大
相较于传统的教学模式，“翻转课堂+BOPPPS”要求教师不仅在课中设计教学流程，课前、课后也需要精心设计，与课上内容配合使用。这对教师来说，要及时更新教案内容，融入时事案例，在不同的章节设计不同的互动环节，采用不同的教学手段，这大大增加了教师备课的工作量。另外，依赖于学生输出的教学设计并不容易，需要教师拥有丰富的课堂经验，良好的课堂把控能力，才能把课前、课中、课后的教学环节拧成一股绳，才能达到有序、生动、高质量的教学效果。
4考评体系难以量化
教学模式的改进需要考评机制的协调推进。由于传统教学模式的教学目标相对单一，考核机制以硬性指标为主，比如考勤+作业+考试。但是，思政课程不仅要求学生“学会知识”，有“思政思维”，还要综合考量学生各方面的能力，比如自学能力、探究能力、合作能力、整合能力等。但是，这些隐性的知识和能力很难准确量化。特别还要考虑到学生各有所长，要注重差异化培养、因材施教，这就又增加了设置科学合理考评机制的难度。