根据《高等学校教学管理要点》（教育部高教司[1998]33号）第44条规定：“院（系）可设教学秘书和教务员，在教学系主任（院长）领导下，处理日常教学行政工作并从事教学状态、质量信息的经常性调查了解工作。”可以看出，高校教学秘书的最基本工作职责是处理日常的教学行政工作及调查了解工作两个方面，这两方面相辅相成，共同构成了基层教学管理的主要工作。但实际上，教学秘书在具体工作中，还需要协调上述两项工作职责所涉及的人、事和物，因此教学秘书还被赋予了沟通协调的工作职责。
1.日常教学行政工作职责
在我国高校普遍采用校、院（系）、系（教研室）三级管理体系，院（系）的教学秘书处于高校管理体系中承上启下的重要环节，教学秘书的直接领导虽然是二级学院（系）分管教学的副院长，但因其日常要处理校教务处等各行政部门下达的各项工作，实际上教学秘书在行政上受多方领导。因此，所赋予教学秘书的日常教学行政工作也更加广泛，具体工作职责包括以下几个方面：（1）完成学院的编排课表的工作职责。教学秘书需要根据每学期学院各专业的人才培养方案，将教学任务分发至承担课程任务的各系（教研室），然后将各系（教研室）的教学安排和计划上报至教务处进行统一安排，在教务系统中录入二级学院教师的排课情况，完成课表的编排。负责对二级学院教师的课程调整及教师的教学任务书制作完成，并将上述资料整理归档。（2）日常教学管理的工作职责。教学管理所涉及的日常工作涵盖非常广，所赋予教学秘书的工作职责非常繁杂，包括教学计划和课程的具体安排、教师的调（停）课、人才培养方案的修改办理、教材的征订、教学常规检查、教学评估、考试工作安排、教学日历、学生成绩管理等等，这些日常教学管理工作都需要根据院校各相关部门的工作安排稳步开展，防止出现差错和遗漏，是教学工作开展的基本保证。（3）教学文件档案管理的工作职责。负责课程教学大纲、教师教案、教学日历等教学材料的收集整理，同时做好档案的保管入档。（4）组织教学相关会议的工作职责。负责会议材料的准备及会议过程的相关记录，整理好相关会议资料并完成归档。