现代学徒制是学校与企业深度合作，以学生的技能培养为主的人才培养模式，是当前产教融合的重要表现形式。现代学徒制的学生具有双重身份，百万扩招背景下的现代学徒制培养主体素质更是千差万别，当中职毕业生、退伍军人、农民工和下岗职工成为高职院校入学新主体时，思政课的改革创新必须立足于入学新主体的现实状况，切实解决好思政课教学效果的问题。
1.思政课与专业课缺乏融合，导致文化素质培育与职业技能培养相脱节
为提高职业教育的质量，国家出台了相应政策给予方向指导和政策支持，其中《国家职业教育改革实施方案》就为职业教育的发展提供了方向指引，例如，方案中提出了“文化素质+职业技能”的基本改革方向。然而现实中职业院校的改革却呈现出了另外一番景象：“在制度设计上，现代学徒制外向性‘功能与效用’被过渡强调，但涉及‘学徒’生活理想的内在价值遭受忽视。”校企双方更注重学徒（学生）专业技术能力，而忽视了其文化素养的提高，导致现代学徒制的教学呈现出了思政教育与技能训练“两张皮”的现象。这一现状一方面是院校与企业对于学徒制的培养遵循“招工即招生、就学即就业”的导向与模式所引发，另一方是部分院校与企业关于国家相关政策的了解不到位，并不能很好的理清学徒（学生）短期就业与长期发展之间的辩证统一关系，不能着眼于现代学徒制培养模式兴起的背景及对人的全面发展的终极人文关怀。“当工具主义思维凌驾于现代学徒制的本体意义之上，会导致‘人作为目的’的终极关怀走向衰微。”随着我国经济增长动力的转换及产业机构的转型升级，以及自动化技术的不断发展，将来社会对于纯粹体力劳动的需求会日趋减少，而对于体力劳动与脑力劳动相结合甚而至于是对以脑力劳动为主的需求会大大增加，而这无疑是对于劳动者的能力与素质提出了极大的挑战，如果一味的像过去一样只着眼于劳动者的技能提升而忽视劳动者综合素质与长远发展必使劳动者被将来的社会所淘汰。
2.教师缺乏相关教学经历，导致产教在一定程度上相互脱节
因为现代学徒制由高职院校与相关企业联合招生、联合培养，所以学徒（学生）求学即就业，自成为企业员工之时起便也是相关合作院校的学生，其在该阶段的身份具有二重性。学徒制的特殊教育模式也使得学徒（学生）在整个受教育的过程中具有身处两个不同系统里的任课教师，其中一部分来自职业院校，这部分教师具有较高的理论水平，在授课时也更倾向于从理论逻辑的角度向学生阐述其中蕴含的原理与理念，相较于学徒（学生）的企业导师（师傅）来说，这部分教师由于没有长时间的企业工作经历，所以他们很少能够形成企业生产、运行的系统知识，对相关合作企业的价值理念与企业文化了解也并不够深入。但是学徒（学生）的思政课任课教师多由这部分教师担任，这在一定程度上能确保思政课的社会主义教学立场，确保思政课能在正确的方向上运行，落实立德树人的根本任务，但是由于缺乏相应的企业知识，思政课教师只能“就思政讲思政”却不能很好的将思政课与企业的运行相结合、与学徒（学生）的专业课和生产活动相结合。与此同时，企业中担任学徒（学生）师傅的相关技能导师，其能对学徒（学生）进行专业、高水平的技术、技能指导，但由于其不曾接受过专业的思政课教师培训，其对学徒（学生）所进行的思政教育亦是有限，因而，不论是从思政课教师的角度还是从专业教师以及企业技能导师的角度来看，现代学徒制的思政课一定程度上存在产教相脱节的现象。
3.课堂缺少对话，“主体”与“主导”没有实现同频共振
深圳明德实验学校校长程红兵曾指出：“衡量一节课的好坏，要看这节课老师和学生的思维流量到底怎么样，老师流出多少，学生流出多少，流出的质量到底如何。”课堂上的思维流量体现为学生与老师之间的观点交流、思想交汇，一节课如果教育主客体之间能呈现出一种平等的对话，彼此之间的发言能像运动场上足球比赛的球一样在各个运动员之间来回传递，最终达到射门成功，实现教学相长便是一堂有教学时效性的课，便是一堂好课。但是在现代学徒制的思修课堂上却很少见到这样生动、有高质量思维流量的现象。为了吸引学生的注意力，提高思政课堂抬头率进而促进教学效果的提升，高校思政课教师也采取了很多办法，其中包括大量运用多媒体辅助教学，但是教学效果并不理想，原因就是在于课堂的流量不够，教师使用多媒体，制作精美的PPT也只是省去了许多板书的烦恼，甚而至于有些老师被多媒体所取代，在课堂上长时间、大量播放教学视频，却没有教师自身的理论阐述和原理讲解，更没有体现适合现代学徒制思维特点的教学方式。久而久之这样的课也就逐渐变成教师的“一言堂”与“独角戏”，教育主客体之间处于两个完全不同的“频道”，无所谓对话，也就没有思维流量、共振，也就谈不上多好的教学效果。