作为新兴发达城市，深圳并无北京、上海、广州、南京、武汉等传统城市高等教育发展历史悠久、资源丰富的优势，其高等教育发展策略更多地体现城市“主动作为”的特征。市校合作办学是深圳在高等教育领域谋篇布局的重大策略之一。历经20年的发展，合作办学高校已成为深圳高等教育的重要力量。在现有的14所高校中，8所通过合作办学方式设立，包括清华大学国际深圳研究生院、北京大学深圳研究生院、哈尔滨工业大学（深圳）（前身为2002年设立的深圳研究生院）、暨南大学深圳旅游学院、香港中文大学（深圳）、深圳北理莫斯科大学、中山大学·深圳和天津大学佐治亚理工深圳学院。正在筹建的中国科学院深圳理工大学、深圳创新创意设计学院、深圳音乐学院等，也均采用合作办学的模式。
深圳高等教育市校合作办学发展大致可分为三个阶段。一是起步期：2002年在南山区成立大学城，引进清华大学、北京大学、哈尔滨工业大学、南开大学[ 南开大学深圳金融工程学院后于2009年停办.]等4国内顶尖高校在深圳举办研究生院，开展研究生教育，为高等教育规模的跨越式发展奠定了基础；二是加速期：紧跟国家政策导向与发展形势，选择境外优质教育资源，以中外合作办学的模式设立高等教育机构，如2012年成立香港中文大学（深圳）、2015年成立深圳北理莫斯科大学、2020年成立天津大学佐治亚理工深圳学院，塑造了深圳高等教育对外开放的特色；三是成熟期：根据城市发展重大战略部署与高等教育综合发展需要，成立中山大学·深圳、中国科学院深圳理工大学等合作办学机构，并计划以合作办学的形式设立深圳创新创意设计学院、深圳音乐学院等特色学院，进一步扩大高等教育规模，健全高等教育体系。