目前研究生教育课程体系结构大多按建立学科基本框架的要求进行课程设置,我国硕士生课程一般包括公共基础课、专业基础课、专业课以及选修课四大模块。这种分类基本上是按照学科架构方式进行，具有学科化特征,基本上是简单移植本科课程分类标准，而对研究生教育本身的属性考虑不够。在对课程结构、课程内容、教学方法和课程评价等方面的整体分析后发现，在上述方面不利于通过教学与科研相结合的方式培养和提升研究生的创新能力的问题表现在以下几方面：
（一）课程结构缺乏对科研创新能力培养的整体性规划
研究生的创新能力培养是在其知识技能可驾驭范畴内和导师的指导的基础上实现的，一般创新能力主要体现在建构和完善已成型的研究领域，并不断实现专业化的过程之中。因此，知识体系的建构与完善，研究思维、研究方法的专业化是课程结构中必须关注的问题。目前，一些大学由于教师团队建设的欠缺和对课程结构合理性的缺乏关注，研究生培养方案中课程结构一般以导师们的方向课为主。这种课程内容更多是视师资情况和导师的研究兴趣而定，某些根据培养目标应该开设的课程却因师资匮乏无力开设。由此带来的主要问题表现在两方面：其一，知识结构欠合理，对于建构学生合理的知识结构体系存在不稳定、不连贯性的现象；其二，思维方式、研究方法的专业化训练随意性较大。因而，课程结构并不完全符合研究生的培养目标和规格。这样的课程结构的设置一方面对提升研究生的创新意识与思维能力缺少系统的设计，同时也很难针对研究生的差异性进行个性化培养。
（二）课程内容重陈述性知识的传授，轻程序性知识的训练
课程设置是教育的载体，其内容与结构的合理性直接影响其教育目的的达成。培养学术性创新型科研人才是学术硕士培养的重要课程目标。为达成该目标，在课程设置中不仅应包含模块化的知识内容和专业理论体系，更重要的是具备必要的科学研究方法和科学研究能力的训练，以便为问题
的解决提供有效的思维和解决策略。为此，学生在亲历科学研究中必备的行为技能、认知技能和认知策略等程序性知识和技能是构成学生创新能力发展不可或缺的部分，这些内容只能在反复练习和反馈迭代中逐渐获得。而在现有的以教师讲授为主的课程教学模式中，这些程序性知识和技能的内容并不是课程的核心，在课上教师往往点到为止，由于缺乏具有针对性的训练和反馈，很难在研究中与导师的要求衔接，即使有的学生在面对挑战性问题产生了具有创意的思想，也会由于方法和思维方面的局限使后继的科研活动中陷于迷茫和无所适从，难以从创新性的角度继续完成问题的解决或将想法进行创新性转化。因此，如何通过课程内容的调整实现个体化思维能力、研究能力的提升是培养创新能力面临的另一个重要问题。
（三）课程过程中教学方法单一，缺少师生间多向互动
在一般的教学过程中，因课堂教学的高效性和结构化优势使其成为硕士生课堂最常采用的教学方式，形成以课堂教学为主线，任课教师是主导。事实上研究生的课程往往是在小群体的班级中进行的，非常适合通过有组织的、合作性的研究性学习来激发学生的学习自主性和开拓思维。现实中，合作的研究性学习在教学中的使用却非常有限。在研究生课程的课堂讲授中无论是教师的教学内容，还是学生的主题汇报，都更专注于通过单向的讲授将内容展示给其他成员，这使得学生的学习主要是以被动单向的方式进行，这种单一的学习情境，研究生获得的正向情感和自主性水平较低。这在很大程度上影响了师生之间、学生之间的多向互动。由于缺乏“思维过程”的碰撞和交流，批判性思维能力往往无法得到深入的锻炼。即使在课堂中加入一些讨论环节也比较随意，对学生在课上的讨论的表现和交流方法缺乏有效的指导、要求和评价，从而导致课堂上的讨论很难深入，以及形成热烈的探讨氛围达成学生、教师之间的良性互动。这有悖于研究生阶段的课程学习需要和学习特点，课程学习的研究性、学术性不足。其结果限制了研究生思维的主动性、质疑性和创新能力的形成与发展。
（四）课程评价流于形式，缺乏实效性
除了课程结构与内容外，对课程学习结果与过程的评价是保证研究生将专业知识和研究能力结合的必要条件。研究发现许多研究生课程评价系统一般以终结性评价为主导，课程评价形式也比较单一，人文社科类研究生多以提交课程论文作为课程评价的依据，即使如心理学这样具有明显实证性质的交叉学科也有类似的倾向。这种评价模式的单一性和单向性，导致难以在过程评价与结果评价之间建立联系、在评价者教师与被评价者学生之间建立有效的反馈沟通，导致教学过程中学生的学习进展、程度、状态等相关信息的失真甚至缺失，难以实现适时调整和改进教学工作，建立督促和指导学生学习的反馈机制等课程考核的重要功能。