康区环境复杂，“界于川藏之间，乃川省前行，为西藏后劲，南接云南，北连青海，地处高原，对于四方皆有建瓴之势”，独特的地理位置奠定了康区多民族、多文化交融的特色。自元起，康区普遍施行土司制度，历明至清时完善至极。但正是其制度的完善至极，土司拥有相当的权力，土司与土民、土司之间的矛盾急剧上升，加之西方列强的伺机侵略，西藏地方政府与中央政府矛盾激化。在“巴塘事件”的刺激下，为有效解决上述问题，清政府确立了“改土归流”的治康策略。
（一）土司制度下民众矛盾尖锐
清末，康区在土司制度的支配下，民众矛盾尖锐，主要表现为土民面对土司的极尽压榨而心怀不满进而走向反抗以及土司与土司之间因利益相悖而显现出的兵戎相见。
土司制度下，土司“世守其土，世长其民”，在其辖地内享有绝对的特权，而土民则受土司压迫，政治上无权、经济上受剥削。至清代时，土司的设置更为庞杂，“一方面级别多，其名目有宣慰司、宣抚司、安抚司、长官司、千户、百户等六种；一方面数量多，大大小小各级土司119员”。如此数量的土司在其各自管辖范围内，以其合法的职权极尽压榨其属民，这无疑加重了土民的困境，正如《赵尔丰奏德格土司纳还全境土地改土归流折》中所言，“盖土司弊政，只知用民之力不恤民有身家；只知取民之财，无复怜民瘠苦。此固各土司积习，不独德格为然；而德格为尤其甚，蛮民在土司压制之下，受其苛虐二百余年，无可告诉”。而土司长期以来对土民的压榨势必会引起土民的不满进而引起反抗，如光绪七年（1881年），不堪女土司白利娜姆的压迫剥削，丹巴县巴底乡邛山村的32户农奴在奴隶德呷木强绒的带领下起事，他们活捉了女土司，并杀死了她的兄弟也步。此外，起事的农奴还与附近沈洛等14个村寨的近1000名农奴联合，将土司派粮、派款、派差的账簿烧毁，瓜分了土司的粮仓与衣柜。
土司与土司之间则常因利益相悖而产生纠纷，而因其各有属兵，多数情况下，其常以武力手段解决问题，这严重影响了社会的安定，加深了民族隔阂，如从道光二十八年（1848年）一直持续到同治四年（1865年）的“瞻对事件”，当时瞻对土司工布朗结父子乘大盖土司内部纷争之际，攻占土司官寨，并逐步统一全瞻，其后率领部众先后侵占了甘孜白利土司、麻书土司、德格土司等13部，以及西宁所属玉树25族，在占领了大部分康区后，继续向外攻伐，最后在清政府组织的“川藏会剿”下，该混战才得以结束。但事件平息后，瞻对即划给了达赖喇嘛管理，此举为日后四川当局与西藏地方的纠纷埋下了祸根，造成了康区部分土司“皆以川省威令不行，相率依附瞻对”的局面。
由上得以窥见，土司制度与现实社会发展具有某种程度的不适应性。因此，必须对土司制度进行改革。