航海院校的半军事化管理制度是在参照中国人民解放军“三大条令”的基础上，为培养航海类专业学生具备良好政治素质、组织纪律性和行为规范，以适应现代航运业对航海人才素质的要求而设置的特殊管理制度，旨在为我国航运业培养“有责任”，“懂担当”，“守纪律”的优秀人才。集美大学航海学院从1984年开始实行半军事化管理制度，至今已有三十余年。通过三十多年严格的半军事化管理，既培养了在校生的身体素质以及海员的基本素质，同时也为航运事业培养了许多优秀的人才，得到了国内外航运企业的认可。这证明了半军事化管理制度于内于外，都对航运人才的培养起着无可替代的作用。在三十多年的探索之中，集美大学航海学院虽然享受到了航海技术专业半军事化管理制度带来的累累硕果，但也发现了半军事化管理制度中的许多不足。
通过对航海20中队一年来的管理发现，大一新生刚入校时，在辅导员、中队长以及区队长的管理下，对半军事化管理制度的接受度高，在半军事化管理制度的监督和约束下，能够高效有序的完成学习和工作任务。随着新同学们对管理制度的熟悉，部分同学就会产生懈怠情绪，导致开始出现“钻空子”，“耍花招”的不良行为。例如，在管理过程中发现，有些同学会听从老乡或学长的不良言论，进而开始抵触半军事化管理制度。据了解，有的学长会跟学弟说半军事化管理中在出操的管理方面有漏洞，只有累计旷操达到10次才会被处分，因此只要平时旷操不超过10次就不用承担旷操的后果。更有甚者，在半军事化管理制度中，大有“做一天和尚撞一天钟”的模样，这类同学不旷操，不违纪，从不触碰半军管制度中明确要求的纪律，但在学习和生活中，作风慵懒，学习不尽心，出工不出力，参加会操、班队列竞赛的积极性不高；有的学生在早晨出操训练时偷懒，动作不到位；有的甚至躲到角落，在没人监督时放松休息等。同样，这也是对于半军事化管理制度的一种“软对抗”，给半军事化管制度下中队开展日常管理工作带来困难。以上现象表明，目前在半军事化管理制度下，中队的建设工作正面临挑战。