收容教养自确立以来，在实体与程序上长期存在适用难题。实体上，适用对象范围不明，年龄下限一直未通过法律规定加以明确；封闭式管理限制人身自由，与刑罚处遇措施趋同，违背非刑罚处遇措施的性质定位且缺乏合法化依据；执行方式重惩轻教，没有体现教育矫治的应有内涵。程序上，公安独立行使权力完成整个案件审查过程，权力监督缺位。规范供给不足、运行程序非司法化、行为干预重惩轻教以及功能定位偏差等使得收容教养名存实亡，无法发挥其在少年司法中的应有作用。
（一）运行非司法化
首先，因未达刑事责任年龄，未成年犯罪人不会进入审查起诉阶段与审判阶段，收容教养在程序中缺乏检察院与法院的参与，没有形成权力分工体系，呈现出公安机关一家独大的局面。公安独立行使权力完成整个案件的证据搜集、审查、决定、复议过程，与当代法治精神中权力分工合作、相互制约的原则相违背。其次，收容教养以简单的行政程序决定限制或剥夺人身自由，欠缺刑事司法的中立裁判逻辑，不符合国际少年司法普遍遵守的正当程序原则，不利于实现司法公正，不利于保障未成年犯罪人的人权。再次，未成年犯罪人缺乏程序性救济。为保障程序公正，法律规定法定代理人到场制度维护未成年人的权利，赋予当事人委托诉讼代理人、辩护人的权利以保障辩护权，赋予当事人申诉权实现程序救济。收容教养缺乏上述司法制度的保障，没有充分考虑到未成年犯罪人的特殊需求。
（二）执行方式惩罚性过强
我国未成年人收容教养只有封闭式管理一种执行方式，长期封闭的矫治环境将未成年人与社会隔离，带来的影响是未成年犯罪人内部容易交叉感染、收容教养期限结束后难以顺利复归社会。《联合国少年司法最低限度标准规则》（北京规则）第19条规定，把少年投入监禁机关始终应是万不得已的处理办法，其期限应是尽可能最短的必要时间。其认为封闭式处遇方式是最严格的处遇方式，是只有在万不得已的情况下才能采取的最后手段。这种限制或剥夺人身自由的方式过分强调惩罚属性，违背了“教育为主，惩罚为辅”的立法精神，难以实现矫治未成年犯罪人行为、复归社会的目标。