清代农村市场的管理，主要由牙行进行。牙行是市场交易双方的中介人，其如能是评比物价、监督市场交易。同时向双方收取一定佣金。统治者利用牙行牙户作为课税和市场管理的工具。牙行有“官牙”“私牙”之分。“官牙”由官府发给牙帖，牙人必须负责向官府交纳税银。清代牙帖由各州县衙门发给，帖有定数，税有定额。例如山东长清县丰齐等十集，共有花行帖十张，牛、驴行帖五张。乐陵县花园等六集，每年交“牛驴税六十两七钱七分”，“牙杂银六十七两八钱七分”。牙人的产生，是商品交换发展的产物。但随着商品经济的发展，牙人逐渐增加了它在农村市场经济发展中的消极作用。清初，全国各地衙役滥发牙帖，各墟市牙户大量增加，“即如各集场中有杂货小贩无籍牙行者，今概络牙帖抽利息，是多一牙户即商民多一苦果”。康熙年间，福建诏安县“山市地多暗微”，漳平县“市 如桂林、华口、溪南、象湖、新桥、安仁等处，旧有墟阜饷馆，皆缘巨侩假借稽查私盐之名，阴行垄断罔和之实”。【2】又如雍正年间，山东临邑集市的牙帖“岁有增加”“向来无借牙行者，今概行给帖，而市井奸牙，遂借此把持，抽分利息”。
清代各地许多农村市场，为了抑制官牙私牙的滥收税额，往往由集市自行设置牙行经纪。如山东陵县神头镇的四九小集，由“镇间士民公议，设官斗二枚，官秤一枝，牲口经纪二人”，至于“充行人役，必镇民公议忠实之人，皆由雇充。”这样“既不领押帖完课税，自无从借口官例，鱼肉商民”。【3】齐东县的九扈镇义集，也是自己“雇觅斗秤人役，在集应役，并不取集场分文。商民办税，十有余年，一方称便”。【4】
有的地方农村市场由富商负责管理。例如，在四川，地方官府把禁止“垄断”、筹酌“调剂”之事，交由“居士”者负责。【5】四川场市街巷一般设有栅栏，饬令更夫按时启闭。场中设置乡约，或专设“场头”或“客长”数人不等。其职能是负责地方治安，狱讼案件的上转下达，以及“每月初一、十五日或初二、十六日”，在场上宣讲“圣谕广训”。【6】
闽粤的墟市，不少系有宗族置地营建，并由其负责管理。例如闽北的禾口墟，为张氏一族所有。张氏在宋代购买了地名禾口的荒山一片，在明代万历年间始开墟市，建造商店、客房、蓬厂、街道等，到清代又建立戏台、茶亭等设施，收取一定的租额，并不许别人染指。类似这种墟市在福建较为常见。康熙年间，上杭县蛟洋集场为傅姓之地、新坊集场铺排货物基地也为李姓之地，明订“其地止为贸易用，不准外姓架造房屋”。【7】广东东莞县的仁和墟，由凤冈陈氏宗族拥有，其族派出墟甲管理，禁止私牙等抽收名目，如若墟甲没有尽责，“一并责革”。这些都反映了地方宗族把持垄断并负责管理墟市的事实。