近年来，在巡视监督的推动下，高校领导层逐渐认识到内部控制的重要性，高校内部控制建设标准初步形成，但是对实施机制进行规范的制度体系依然缺乏，内部控制环境还不完善。
（一）内部控制意识淡薄。内部控制建设是一个系统工程，贯穿于高校经济活动和权力运行的全过程，需要高校内部所有层级的全体人员共同参与。但目前有的高校领导层对内部控制规范认识不到位，思想上不够重视，虽然按照规定制订了实施方案，但在实际工作中推进力度不强，高校的党委书记、校长大多为教授，关注更多的是学科建设、科研项目和学校的硬件投入，认为内部控制属于管理方面的事，是软实力，效果呈现不明显，更由于高校的特殊属性，实施内部控制的内生动力不足。有的管理人员对内部控制认识有偏差，认为内部控制是领导的事，是财务、纪检部门的事，和自己没有多大关系，只求办成事，工作中被动执行的多、主动思考探索的少，得过且过，有的甚至有章不循，钻制度的空子。有的从事内控工作的人员怕得罪人，工作责任心不强、行为懈怠，工作积极性不高。
（二）内部控制机制不健全。高校内部控制相对于企业内部控制而言，时间滞后。高校目前的内部治理结构、机构设置、权责分配还不能够适应内部控制有效运行的需要。内部控制制度建设还不够健全，控制方法单一，主要以“内部牵制”理念为基础，采用岗位设置、权限控制、预算控制等传统方法，很多高校对预算资金、实物资产等还没有开展或实施规范的绩效评价，更谈不上绩效控制，利用现代信息技术实现对经济活动有效控制的条件还不成熟。风险管理理念及风险分析的意识淡薄，风险评估机制不健全，有的高校对基建项目立项缺乏可行性研究或者可行性研究流于形式，没有充分考虑偿还能力，过度举债，加大了债务风险。
（三）控制活动不到位。控制活动作为内部控制的核心，贯穿于各个层级和职能。近年来，行政事业单位会计制度建设得到长足发展，高校会计及内部控制建设相对比较完善，但在业务层面控制上存在较多风险。一是基建及采购招投标。随着高校办学规模的扩大、办学经费的增多，基建和采购招投标等涉及到体量较大的基本建设工程、修缮工程、园林绿化工程、仪器设备、图书资料、各类教材、服务外包等方面，因涉及的资金较大，权力寻租的空间大，容易滋生腐败，是高校内部控制的重点领域。二是预算及收支管理方面。预算管理是高校主要内部控制手段，主要存在预算编制不准确，预算刚性约束不足，随意性大，预算执行过程中出现无预算、超预算开支，执行进度滞后，预算列支真实性欠缺等。在收支管理方面，主要存在应收款项清理催收不及时或私设小金库，票据不规范，开支依据不充分，存在虚假列支问题等。三是实物资产控制方面。高校实物资产除房屋、设备、图书、家具等固定资产外，还有各类实验实训耗材、办公耗材、学生食堂材料、医药用品、各种维修材料等存货。有的高校尚未理顺资产管理的组织架构，存在多头管理问题；固定资产及存货的日常管理普遍薄弱，重购轻管，存货采购忽视效益，资产盘点及出入库管理流于形式、手续不严密，更谈不上标准化管理，导致存货浪费流失严重。
（四）内部监督力度不够。监督检查，是内部控制得以有效实施的重要保障[4]。高校目前的内部监管体制还不完善，纪检监察部门、审计部门同属于学校统一领导，与相关职能部门同级，工作中缺乏独立性和权威性。有的监督人员主动监督的意识不浓、监督能力不够强，有的监督工作往往流于形式。有的高校对内部审计工作不够重视，内部审计开展的工作大多为事后审计，往往局限于财务审计、经济责任审计，未能做到对经济活动情况进行实时审计、全面审计，提前介入、主动介入、全程监督，审计发现的问题整改力度不大，内部审计的功能未能充分发挥。