1.1合同签订流程不规范，授权审批控制不合理。合同承办部门太多，没有统一的合同管理部门，管理存在混乱，承办部门直接将合同立项交由分管院长审批，然后将合同文本提请院长签字，中间环节缺少监督和审核，风险较大。
1.2 对合同审计的重要性认识不足。有的合同承办部门对合同审计的重要性存在认识不足，认为对方单位一般希望长期与医院合作，不会在合同文本上做手脚，在心理上从合同签订前就放松了警惕，造成对合同审计不重视，认为是在走程序，没有认识到合同审计的风险防范作用。例如认为一般设备采购合同这种合同采购频次高、金额较小、合同文本单一；大型设备经过招标合同都经过专家审查，也不会出现问题，从而对合同审计重视不足。[1]
1.3 存在补签合同申请审计的情况。补签合同存在较大的安全风险，特别是一些小修缮、小基建项目，如果事先没有签订合同，图省事、图工期先行施工，万一在施工工程中出现安全事故，医院的责任将无法划清，给医院带来不必要的运行风险。
1.4 审计人员知识结构单一，存在技术短板。医院面临的合同纷繁复杂，涵盖基建、修缮工程，新增设施，设备、药品、物资材料采购，对外投资、合作，银行大额存款、贷款，承包、租赁、技术开发、转让、咨询等等所有经济合同，尤其对医疗设备、基建等需要较强的专业知识背景，而这些知识是一般审计人员不具备的，因而在实际合同审计过程中会面临很多困难，也客观造成审计质量下降。
1.5 合同审计信息化程度不高。信息化是提高审计质量的重要手段，而目前没有专业的合同审计软件，基本是基于纸质原件的表格化处理，依赖传统的办公软件，不能利用网络资源进行信息共享，在审计数据和信息的调取查阅方面也越来越满足不了要求。[2]

2、完善经济合同审计的关键控制点
2.1建立健全经济合同审计制度。制度是经济合同审计的基本保障，是合同承办部门流程指引，也为审计部门开展审计提供了操作指南。我院根据经济合同管理规定，制定了《经济合同审计制度（征求意见稿）》，对合同审计的范围、流程、送审所需材料、责任与监督等作出了明确规定。在征求意见稿发放后，召集合同承办部门、合同管理小组成员进行制度解释答疑，对不明确的条款进行商讨协商，提出修改意见，对合同审计制度进行完善。制度成文后，正式出台《经济合同审计规定》，在全院推行。
2.2 制定科学、合理、可操作性强、人性化的审计流程。我院根据合同金额的大小，将经济合同分为一般合同和重大合同，一般合同由合同承办部门根据常规流程进行项目论证、分管院长审批，合同初审，然后审计部门对流程的规范性、合同条款是否满足合法、合理、公平、公开等进行审计评价；采购、维修项目合同金额在30万元(含30万元)以上，投资项目合同金额达到50万元（含50万元）以上，基建项目合同金额达到100万元（含100万元）以上为重大经济合同，需执行合同会签制度，由院办公会讨论通过，并交由院经济合同法律顾问审核并出具意见。