（一） 基地生产服务功能发挥不突出，校企难共赢
生产性实训基地除具备普通实训基地教学研等基本功能之外，还必须具备生产服务性，这是其本质特征，也是维系学校和企业双方利益，促使双方长期合作、互利共赢的桥梁。而实际运营中，由于诸多原因基地生产服务功能往往发挥不突出，这其中主要有以下原因：一是由于基地建在高职院校内，其运营的人力物力资源主要由校方提供，在使用过程中往往侧重挖掘和发展其教学功能，生产、研发、对外服务等功能相对偏弱；二是当前我国众多企业可以通过多种渠道获得技术劳动工，比如常用的经过企业内部学徒制，进行技术人才培养，这种方式不仅不要额外支付基地人员培训费，也不用预留人员培训时间耽误企业正常工期，为众多企业青睐；三是校企合作过程中，由于企业的认知局限和短视，合作过程中更注重经济效益而缺乏培养高素质综合技能人才的社会责任感，因而在基地建设和运营中，普遍存在校热企冷的现象，企业主观积极性较差。这种不平衡必将导致基地发展的功能偏失，校企利益难共赢。[3]
（二）师资力量不足，教学研发受阻
生产实践经验又有教学理论知识的“双师型”教师是校内生产性实训基地的软件支持，然而由于客观条件的限制，真正能达到标准的师资少之甚少。首先，现行高校的入门基础就是对教师的学历学位的要求，75%的专业教师是“从一个学校门出来直接进入另一个学校门”[4]， 缺乏企业一线生产实践经验，这跟职业教育师资要求实质是相背离的。虽然目前高校对老师“双师型”资格都有硬性要求，但是大多数取得“双师”资格的老师主要通过职业资格认证这一途径，并不具备真正的生产经验。第二，由于现行职称评审等客观条件的限制，高校教师将大量的时间用于发表论文、申报课题、撰写专著等理论性学习研究，大大影响了生产实践能力的提升。第三，企业技术人员担任实训指导教师，由于缺乏系统的教学理论知识基础，以及时间的不确定因素，难以形成长期而有效的合作关系。缺乏生产实践经验的师资必将导致教学和研发与实际生产的脱节。
（三）资金保障欠缺，基地发展后劲不足
校内生产性实训基地因其培养目标的特殊性在建设和运营过程中均需要大量的资金支撑，尤其是随着行业技术的日新月异，基地设备面临着更新换代快等现实问题，要想实现基地可持续发展，经费支持必不可少。首先从职业教育在政府投资教育的总经费中来看，所占的比例是较低的。2016年，全国教育经费总投入为38866亿元，其中，普通高职高专教育经费总投入为1828亿元，占教育经费总额的4.7%，而其他各类教育所占比例见图1，由图可见，高职高专在各类教育投入中所占比例最低。[5]而据发展中国家对教育成本的研究结果表明，由于高等职业教育的特殊性，其用于实习实训及专业教学设施设备的费用支出较大，高等职业教育的成本是普通高等教育成本的 2.64 倍，因而事实上发展高等职业教育需要有更大的投入。[6]其次，校内生产性实训基地不管在建设还是运行期间，都需要企业的大力支持，这其中包括资金投入和业务支持等，但实际上很多校企合作流于形式，基地自身生产力不足，难以吸引社会资金和支持。
（四）管理运行机制落后，影响可持续发展
校内生产性实训基地管理存在其特殊性，既要保证日常正常教学工作，又要兼顾企业社会培训鉴定需求，同时更重要的是要与行业企业发展接轨，紧跟时代步伐，保持基地的生命力和可持续发展。但实际运营管理中存在诸多乱象，如：缺乏专业的财务人员对基地的支出和收入统筹规划，易出现资金支出利益分配不当等问题；没有系统的评价预警机制，不能根据行业发展对实训基地进行实时评估并根据结果进行改革，导致基地发展与实际需求脱节；由于基地管理人员通常为学校老师，缺乏生产实践和企业管理经验，导致基地管理制度不健全，日常管理不严格等不利于基地发展的现象，严重影响基地的可持续发展。